【发布时间】：2018-08-10 21:17:48
【问题描述】：
我正在从事一个涉及分子的 Python 项目，目前我一直将分子表示为图形。 我有三个不同的 numpy 数组来描述每个图：一个二进制邻接矩阵，一个存储分子中每个原子的原子序数的数组，以及一个存储原子之间键类型的矩阵。 i 只代表图中的重原子，所以没有氢。
我正在寻找一种方法来检查分子的有效性，并且我一直在尝试使用 RDKit 的 SanitizeMol 函数来做到这一点。 有没有一种简单的方法可以将图形转换为 Mol 对象？
我还具有将我的 numpy 格式转换为 Networkx 图的功能，但我找不到执行以下步骤的任何方法（nx 到 RDKit）。
我一直在尝试使用 EditablMol 手动构建 Mol，但是图中没有氢会导致几个原子的化合价出现一些问题。 我有点卡住了，感谢任何帮助。
谢谢
【问题讨论】：
标签： python graph rdkit molecule