使用RDKIT将SMILES转换为mol时遇到的问题

Question

我想在 python 中使用 rdkit 从 SMILES 中获取分子。我使用的 SMILES 是从药库下载的。

但是，当我使用函数 Chem.MolFromSmiles 时，一些 SMILES 会报告，但有些不会： Explicit valence for atom # 0 N, 4, is greater than permitted.

我找到了关于这个问题的一些解释：这是因为 SMILES 生成了一个在现实世界中不存在的无效分子。但我不是化学专业的学生......所以有人知道如何解决这个问题吗？

Answer 1

您的 SMILES 字符串中似乎有一个中性的 4 坐标氮原子，这在实际分子中不存在。 4 坐标氮原子带正电荷，例如 SMILES 字符串中的 [N+]。