RDKit - 使用 mol 图像导出 pandas 数据框

【问题标题】：RDKit - Export pandas data frame with mol imageRDKit - 使用 mol 图像导出 pandas 数据框
【发布时间】：2018-07-17 01:01:26
【问题描述】：

我想知道是否可以直接以excel文件格式导出带有分子图像的pandas数据框？

提前致谢，

【问题讨论】：

标签： pandas rdkit

【解决方案1】：

在 RDKit 的 PandasTools 中有功能 SaveXlsxFromFrame。

http://www.rdkit.org/Python_Docs/rdkit.Chem.PandasTools-module.html#SaveXlsxFromFrame

import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import PandasTools

smiles = ['c1ccccc1', 'c1ccccc1O', 'c1cc(O)ccc1O']
df = pd.DataFrame({'ID':['Benzene', 'Phenol', 'Hydroquinone'], 'SMILES':smiles})

df['Mol Image'] = [Chem.MolFromSmiles(s) for s in df['SMILES']]

PandasTools.SaveXlsxFromFrame(df, 'test.xlsx', molCol='Mol Image')

【讨论】：