RDKit 将 Mol 文件 sdf v3000 转换为 v2000

【问题标题】：RDKit convert Mol file sdf v3000 to v2000RDKit 将 Mol 文件 sdf v3000 转换为 v2000
【发布时间】：2021-06-16 20:47:26
【问题描述】：

我有一个 Mol (sdf) 文件，其中包含一些 v3000 格式的化学品。如何使用 RDKit 将其转换为 v2000 格式的 Mol (sdf) 文件？

感谢任何帮助。

【问题讨论】：

标签： rdkit

【解决方案1】：

RDKit 将默认写入 v2000 格式，除非指定 v3000，因此您只需读取 v3000 格式的 SDF 并写入 v2000：

from rdkit import Chem

supplier = Chem.SDMolSupplier('v3000.sdf')
writer = Chem.SDWriter('v2000.sdf')

for molecule in supplier:
    writer.write(molecule)

writer.close()

假设你想做相反的事情：

supplier = Chem.SDMolSupplier('v2000.sdf')
writer = Chem.SDWriter('v3000.sdf')
writer.SetForceV3000(True)

for molecule in supplier:
    writer.write(molecule)

writer.close()

【讨论】：

你是最棒的！非常感谢;你为我节省了很多天！！！