rdkit：如何显示分子的原子数答案

【问题标题】：rdkit: How to show molecular's atoms numberrdkit：如何显示分子的原子数
【发布时间】：2021-03-24 12:21:14
【问题描述】：

你好1 我试图使用rdkit包完成在Jupyter Notebook“import IPython.core.interactiveshell”和“import InteractiveShell”以及“from rdkit.Chem.Draw import DrawingOptions”包中显示分子原子序数的工作，然后我正在使用“DrawingOptions.includeAtomNumbers=True”来工作，但结果根本没有显示原子索引。我不知道是什么原因导致原子数没有显示出来。所以我想请你给出一个合适的答案。非常感谢！

【问题讨论】：

标签： numbers display rdkit moleculer

【解决方案1】：

分子中的原子序数有三种显示方式。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole

def show_atom_number(mol, label):
    for atom in mol.GetAtoms():
        atom.SetProp(label, str(atom.GetIdx()+1))
    return mol

1.代替原子

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'atomLabel')

2。和原子一起

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'molAtomMapNumber')

3。在原子之上

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc(C(N)=O)1')
show_atom_number(mol, 'atomNote')

如果您想更改要显示的数字，请根据您的要求更改str(atom.GetIdx()+1) 部分。查看我的博客文章以获得更详细的解释here

【讨论】：

【解决方案2】：

这在 Jupyter Notebook 中适用于我：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
from rdkit.Chem import Draw

smiles = 'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
Draw.MolToImage(mol, includeAtomNumbers=True)

更新

从2020.03.1 版本开始，这不再起作用了。

但是你可以直接注释原子。

from rdkit import Chem

smiles = 'O=C(C)Oc1ccccc1C(=O)O'
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
for atom in mol.GetAtoms():
    atom.SetProp('atomLabel',str(atom.GetIdx()))

【讨论】：

有人知道这个绘图功能是什么时候包含在 rdkit 中的吗？
@KareemJeiroudi 我不知道从什么时候开始包含这个功能，但似乎在实际版本中2020.03.1 它被破坏了。
@repelpy 我的一位同事在 2020 版本中遇到了同样的问题
@KareemJeiroudi 更新了答案

【解决方案3】：

2020.03.2.0版本你可以试试

from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from rdkit import Chem

mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1O')
d = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(250, 200)
d.drawOptions().addAtomIndices = True
d.DrawMolecule(mol)
d.FinishDrawing()
with open('atom_annotation_1.png', 'wb') as f:   
    f.write(d.GetDrawingText())

【讨论】：