如何使用 rdkit 将微笑转换为指纹？

Question

我必须使用 rdkit 转换指纹列表中的微笑列表。但我不知道怎么做。我在互联网上搜索了解决方案，但实际上没有示例工作...... 有没有人有将微笑列表从分子转换为指纹的经验？

谢谢！

Answer 1

你可以试试这个：

from rdkit import Chem

smiles_list = ["O=C(NCc1cc(OC)c(O)cc1)CCCC/C=C/C(C)C", "CC(C)CCCCCC(=O)NCC1=CC(=C(C=C1)O)OC", "c1(C=O)cc(OC)c(O)cc1"]

# create a list of mols
mols = [Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in smiles_list]

# create a list of fingerprints from mols
fps = [Chem.RDKFingerprint(mol) for mol in mols]

RDKit 具有多种生成分子指纹的内置功能，我在这里展示了生成拓扑指纹的示例。其他选项请参考此doc。