使用 RDKit 将微笑字符串列表 ['x', 'y', 'z'] 转换为 mol 文件或 MDL mol 块

【问题标题】：Convert list of smiles strings ['x', 'y', 'z'] to mol files or MDL mol blocks using RDKit使用 RDKit 将微笑字符串列表 ['x', 'y', 'z'] 转换为 mol 文件或 MDL mol 块
【发布时间】：2018-11-12 00:50:39
【问题描述】：

我已经生成了一个微笑字符串列表并将它们定义为“结果”

我想使用 RDKit 将列表中的每个 SMILES 字符串转换为单独的 mol 文件。我目前的代码是这样的：

m = Chem.MolFromSmiles('result')
print(Chem.MolToMolBlock(m))

此脚本不起作用并返回：

ArgumentError：Python 参数类型在 rdkit.Chem.rdmolfiles.MolToMolBlock(NoneType) 与 C++ 签名不匹配： MolToMolBlock(RDKit::ROMol mol, bool includeStereo=True, int confId=-1, bool kekulize=True, bool forceV3000=False)

我将如何解决这个问题？

谢谢！

【问题讨论】：

标签： python-3.x spyder rdkit

【解决方案1】：

您将字符串 'result' 转换为 RDKit mol 对象。这不能转换为 Molblock。变量名不是字符串，所以不要使用引号。

首先，您必须将 SMILES 一个一个地转换为 mol 对象。

from rdkit import Chem
result = ['C', 'CC', 'CCC']
mo = [Chem.MolFromSmiles(r) for r in result]

然后你可以一个一个打印 Molblocks。

for m in mo:
    print(Chem.MolToMolBlock(m))

这会给你这个：

     RDKit          2D

  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
M  END


     RDKit          2D

  2  1  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2990    0.7500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
M  END


     RDKit          2D

  3  2  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
    0.0000    0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2990    0.7500    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.5981   -0.0000    0.0000 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  1  0
  2  3  1  0
M  END

【讨论】：