RDKit：尝试循环枚举时出现“TypeError：‘Mol’对象不可迭代”答案

【问题标题】：RDKit: "TypeError: 'Mol' object is not iterable" when attempting looped enumerationRDKit：尝试循环枚举时出现“TypeError：‘Mol’对象不可迭代”
【发布时间】：2022-01-30 03:07:46
【问题描述】：

我正在尝试使用 RDKit 枚举大型化合物库并将结果输出为 CSV 文件中的单列 SMILES 字符串。我能够成功使用以下代码：

import os
os.chdir('xxx')
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdChemReactions
from rdkit.Chem import AllChem
rxn = rdChemReactions.ReactionFromSmarts('xxx')
rct1 = Chem.SDMolSupplier('reactants_1.sdf')
rct2 = Chem.SDMolSupplier('reactants_2.sdf')
prods = AllChem.EnumerateLibraryFromReaction(rxn,[rct1,rct2])
prods2 = [Chem.MolToSmiles(x[0]) for x in list(prods)]
import csv
with open('output.csv', 'w', newline='') as f:
    writer = csv.writer(f)
    for item in prods2:
        writer.writerow([item])

但是，内存使用率非常高。为了减少内存使用，我尝试执行迭代枚举，我将在“reactants_1”时取一个分子，将其与“reactants_2”中的所有分子反应，将生成的化合物写入 CSV 文件，然后迭代：

import os
import csv
os.chdir('xxx')
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdChemReactions
from rdkit.Chem import AllChem
rxn = rdChemReactions.ReactionFromSmarts('xxx')
rct1 = Chem.SDMolSupplier('reactants_1.sdf')
rct2 = Chem.SDMolSupplier('reactants_2.sdf')
with open('output.csv', 'w', newline='') as f:
    for compound in rct1:
        prods = AllChem.EnumerateLibraryFromReaction(rxn,[compound,rct2])
        prods2 = [Chem.MolToSmiles(x[0]) for x in list(prods)]
        writer = csv.writer(f)
        for item in prods2:
            writer.writerow([item])

但是，在这种情况下，“prods2 = [Chem.MolToSmiles(x[0]) for x in list(prods)]”行出现以下错误：“TypeError: 'Mol' object is not iterable” .在第一个实例中，我能够毫无问题地迭代“Mol”对象。关于如何解决这个问题的任何想法，或者，在枚举大型复合集时，有什么其他方法可以显着降低 RAM 使用率？

【问题讨论】：

标签： python enumeration chemistry rdkit cheminformatics

【解决方案1】：

EnumerateLibraryFromReaction 需要 list。

所以这应该有效：

import os
import csv
os.chdir('xxx')
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdChemReactions
from rdkit.Chem import AllChem
rxn = rdChemReactions.ReactionFromSmarts('xxx')
rct1 = Chem.SDMolSupplier('reactants_1.sdf')
rct2 = Chem.SDMolSupplier('reactants_2.sdf')
with open('output.csv', 'w', newline='') as f:
    for compound in rct1:
        compound = [compound] # put the mol into a list
        prods = AllChem.EnumerateLibraryFromReaction(rxn,[compound,rct2])
        prods2 = [Chem.MolToSmiles(x[0]) for x in list(prods)]
        writer = csv.writer(f)
        for item in prods2:
            writer.writerow([item])

【讨论】：