保存到 devSVG 时，如何更改 Rape 包中系统发育树中提示标签的字体系列？答案

【问题标题】：How can I change the font family of tip labels in a phylogenetic tree in R ape package when saving to devSVG?保存到 devSVG 时，如何更改 Rape 包中系统发育树中提示标签的字体系列？
【发布时间】：2012-03-01 16:51:27
【问题描述】：

我有几个从 Newick 格式导入到 R 的系统发育树。我正在使用ape 包使用plot.phylo 命令绘制树木。我希望能够将提示标签的字体系列（不仅是大小，我可以用cex 做，或者颜色用col）更改为等宽。 plot 命令确实采用 family 参数，但是当我通过 family="mono" 时没有任何反应。我尝试将它包含在par 中，但也没有成功。

library(ape)
tr <- rtree(10)
plot(tr)

给我的一样

plot(tr, family="mono")

我希望看到字体的变化。

编辑：将图形保存到png 时，字体系列规范似乎有效，但不适用于devSVG。如何将更新的字体保存到SVG？

【问题讨论】：

您在查看哪些文档？您应该查看?plot.phylo 而不是?plot ...如果您在这里没有运气，可以尝试 r-sig-phylo r-project.org 邮件列表 ...
我都搜索了。没有任何参数可以更改字体系列/面。但似乎您可以传递任何图形参数（感谢... =）。此外，family 适用于常规图（散点图等），但不适用于树。感谢邮件列表推荐！
不幸的是，您可以在... 插槽中传递参数这一事实并不一定意味着该函数可以用它做任何有用的事情......
这正是它的外观 - 对于 phylo 类的对象，它什么也不做：/
看起来您可能已经通过 r-sig-phylo 上的 tiplabels 命令得到了答案。如果您想在此处将其写为答案，您可以（鼓励）回答您自己的问题，以便未来的搜索者能够找到答案...

标签： r phylogeny ape-phylo

【解决方案1】：

终于成功了！

为了在以SVG 格式保存图形时能够操作字体系列，我不得不使用包grDevices 和方法cairo：

library(cairo)
svg(filename = file, width = width, height = height, family = "mono")

允许设置family 参数。

为了将来参考，不起作用的是：

devSVG(file, width, height)，然后在par或plot中设置family，

和 Cairo(file, width, height, type="svg") 与 family 在 par 或 plot

【讨论】：