Python 中的系统发育树

Question

我是这个堆栈溢出社区的新手。我是一名生物学家，从事遗传学研究。到目前为止，我一直在使用 MEGA 软件创建系统发育树，但 MEGA 无法处理数百万序列或 NGS 数据或高通量。

我是编码新手，所以不太了解通过 Python 进行系统发育分析。到目前为止，我已经开始学习 python 并获得了一些基本知识。

我试图找到文献，但找不到任何有用的教程来用 Python 绘制一个漂亮的系统发育树。

我想联系来自生物学/生物信息学和编码背景的人。请帮我找到有关上述问题的教程/文献。

感谢您为使用 Python 编写系统发育代码提供的任何帮助。 也欢迎其他建议。

Answer 1

为什么你的意思是系统发育的蟒蛇？你不能用 python 做树，你只能用 phyton 来处理树。所以，如果你想要的是 ete 工具包和 Biophyton，用于读取树木或写入、提取信息、以各种格式显示树木以及将一种格式导出或转换为另一种格式。我发现安装 ete 非常具有挑战性并且没有成功不确定它们是否处于活动状态，而安装 Biophyton 很容易。您可能还想看看 R 是否有帮助，但我猜 Python 很好，不确定与 R ggtree plot 和其他工具相比有多好。我对此很新手，到目前为止我刚刚读到它并且我的 python 和 R 一样没问题。