R中系统发育提示标签中的斜体和常规文本答案

【问题标题】：Italics and regular text in phylogeny tip labels in RR中系统发育提示标签中的斜体和常规文本
【发布时间】：2017-04-12 19:36:55
【问题描述】：

以下代码将绘制一个系统发育树，其中尖端标签以斜体显示，下划线替换为空格。

library(ape)
tr <- rtree(5, tip.label=c("a_b_x1", "b_c_2", "c_d_3y", "d_e_4", "e_f_5"))
plot(tr)

如何在系统发育的提示标签中将常规文本与斜体文本结合起来？我对显示为常规文本的最后一个下划线之后的斜体字母和字母数字段感兴趣。

我尝试将expression 与tiplabels 一起使用，但由于对索引的解释，它不起作用。同样格式化sub以选择expression中的两个部分失败。

tip <- unlist(strsplit("a_b_x1", "_"))
tiplabels(expression(italic(paste(tip[1:length(tip)-1], collapse = " ")) * tip[length(tip)]), 
    tip = which(tr$tip.label == "a_b_x1"), frame = "n", bg = "white")

【问题讨论】：

标签： r regex phylogeny plotmath

【解决方案1】：

我们可以用bquote构造表达式：

library(ape)
set.seed(1)
tr <- rtree(5, tip.label=c("a_b_x1", "b_c_2", "c_d_3y", "d_e_4", "e_f_5"))
plot(tr, show.tip.label = F)

for(i in seq_along(tr$tip.label)){
    tip <- unlist(strsplit(tr$tip.label[i], "_"))

    tiplabels(
        bquote(italic(.(paste(tip[-length(tip)], collapse = ' '))) ~ .(tip[length(tip)])),
        tip = i, adj = c(0, 0.5), frame = "n", bg = "white"
    )

}

【讨论】：