在 R 中更改系统发育中的尖端标签

Question

我有一个csv 文件，其中包含数百个物种的物种名称，这些名称与它们在我的系统发育中出现在$tip.labels 中的顺序相同。我想用与$tip.labels 输出的原始物种名称顺序相同的新物种名称替换这些物种名称。我想保留我的树拓扑，只是尝试用新的分类名称更新我的系统发育。

$tip.labels 的输出：

old_taxonomic_names
old_species_name_1
old_species_name_2
old_species_name_3
...

具有更新分类的输入：

new_taxonomic_names
new_species_name_1
new_species_name_2
new_species_name_3
...

Answer 1

考虑以下玩具示例：

library("ape")

orig_tiplabels <- c("Alice", "Bob", "Cindy")
orig_tree <- rtree(n = 3, tip.label = orig_tiplabels)
plot(orig_tree)

new_tiplabels <- c("Debbie", "Elrond", "Frank")
orig_tree$tip.label <- new_tiplabels
plot(orig_tree)

orig_tree 是以下树：

由于我们只想更改提示标签，我们可以直接更新$tip.label 属性。这为我们生成了一个带有更新的提示标签的“新”树，但保留了拓扑，如下所示。

只要新标签的数量与现有标签的数量（在树中）相同，并且使用相同的树对象，这将起作用。