如何修改 MATLAB 系统发育树工具中的轴？答案

【问题标题】：How does one modify the axes in MATLAB's phylogenetic tree tool?如何修改 MATLAB 系统发育树工具中的轴？
【发布时间】：2011-05-12 23:22:07
【问题描述】：

我想为我在 Java 中生成的一些凝聚集群显示漂亮的树状图。我将集群写入 Newick 格式的文件中。然后，我可以得到一张几乎是我想要的漂亮图片。

tr = phytreeread('myfile.tree')
phytreetool(tr)

不幸的是，X 轴不是我想要的。我更喜欢“反转”轴，因为聚类的迭代从右到左进行，例如firstName 和 setFirstName 在第一次迭代中聚集。有谁知道我该怎么做，或者至少关闭 X 轴标签？（无论如何，默认轴试图告诉我什么？）

【问题讨论】：

标签： matlab plot properties dendrogram phylogeny

【解决方案1】：

首先，您需要访问绘制树状图的轴的句柄。如果它是唯一打开的图形，您可以像这样使用函数FINDALL：

phyAxes = findall(0,'Type','axes');

现在，您要更改的不是 x 轴方向，因为这也会反转绘制的树状图。您实际上只想更改labels used for the x-axis tick marks。如果您只想关闭它们，可以这样做：

set(phyAxes,'XTick',[]);

现在，我不确定 x 轴要告诉您什么。在您的示例中，对于最左侧的分支点（我猜是“根”），似乎每个分支点都位于沿 x 轴的整数值处，从 0 开始。包含firstName 和setFirstName 的最右侧分支位于值 21。如果要更改轴标签以使最右侧分支位于 0 且最左侧分支位于 21，则可以如下修改轴：

set(phyAxes,'XTick',0:21,'XTickLabel',num2str((21:-1:0).'));

【讨论】：

【解决方案2】：

这对你有帮助吗？

set(gca,'XDir','reverse')

编辑你可能会发现很多有趣的here。干杯！

【讨论】：

看起来很有希望...在尝试获取正确语法的各种失败尝试后，我设法使用属性编辑器更改了轴方向。不幸的是，它同时反转了轴方向和树状图本身，因此最终效果与以前一样错误。

【解决方案3】：

我需要类似的东西。我不知道它是否是 Matlab R2021b 的新功能，但现在有一个 plot(tree) 函数可以在常规的 Matlab 图形上绘制树。绘图后，我确定最大的 X 值并更新 XTickLabels。

B = [1 2 ; 3 4];
tree = phytree(B);
h = plot(tree);
ax = h.axes;

xdata = get(findobj(h.axes,'Type','Line'),'XData');
maxdist = max([xdata{:}]);
ax.XTickLabel = num2str(maxdist - str2double(ax.XTickLabel));

Phylogenetic tree with reversed Xtick labels

【讨论】：