循环系统发育树上的节点标签

Question

我正在尝试创建循环系统发育树。我有这部分代码：

fit<- hclust(dist(Data[,-4]), method = "complete", members = NULL)

nclus= 3
color=c('red','blue','green')
color_list=rep(color,nclus/length(color))
clus=cutree(fit,nclus)

plot(as.phylo(fit),type='fan',tip.color=color_list[clus],label.offset=0.2,no.margin=TRUE, cex=0.70, show.node.label = TRUE)

这是结果：

我还试图为每个节点显示标签并为分支着色。有什么建议吗？

谢谢！

Answer 1

当您说“颜色分支”时，我假设您的意思是为边缘着色。这似乎可行，但我必须认为有更好的方法。

在这里使用内置的mtcars 数据集，因为您没有提供数据。

plot.fan <- function(hc, nclus=3) {
  palette <- c('red','blue','green','orange','black')[1:nclus]
  clus    <-cutree(hc,nclus)
  X <- as.phylo(hc)
  edge.clus <- sapply(1:nclus,function(i)max(which(X$edge[,2] %in% which(clus==i))))
  order     <- order(edge.clus)
  edge.clus <- c(min(edge.clus),diff(sort(edge.clus)))
  edge.clus <- rep(order,edge.clus)
  plot(X,type='fan',
       tip.color=palette[clus],edge.color=palette[edge.clus],
       label.offset=0.2,no.margin=TRUE, cex=0.70)  
}
fit <- hclust(dist(mtcars[,c("mpg","hp","wt","disp")]))
plot.fan(fit,3); plot.fan(fit,5)

关于“标记节点”，如果您的意思是标记提示，看起来您已经这样做了。如果你想要不同的标签，不幸的是，与plot.hclust(...) 不同，labels=... 参数被拒绝。您可以尝试使用tiplabels(....) 函数，但它似乎不适用于type="fan"。标签来自Data 的行名，因此最好的办法是 IMO 在聚类之前更改行名。

如果您实际上是指标记节点（边缘之间的连接点，请查看nodelabels(...)。我没有提供工作示例，因为我无法想象您会在那里放置什么标签。