RPY2 3.3.5 导入错误答案

【问题标题】：RPY2 3.3.5 Errors on importRPY2 3.3.5 导入错误
【发布时间】：2020-12-21 18:33:31
【问题描述】：

我正在使用 PyCharm 并运行以下代码：

import numpy as np
import pandas as pd
import rpy2.robjects.packages as packages

print("TEST")

我收到以下错误：

R[write to console]: Error: cons memory exhausted (limit reached?)

R[write to console]: Error: no more error handlers available (recursive errors?); invoking 'abort' restart


Process finished with exit code -1073741784 (0xC0000028)

我使用的是 Windows 10，有 16GB 内存可用。

【问题讨论】：

您可能没有得到任何答案，因为您没有提供环境的详细信息（R 版本、rpy2 版本、Python 版本等）。在您的示例中，您导入 pandas 和 numpy - 如果您不这样做，也会发生错误吗？
一般来说，rpy2 通常在一台 unix 机器上效果更好；如果我要在 Windows 上使用它，我会考虑尝试使用 Windows Subsystem for Linux，但如果您只是希望从 IDE 中使用它，它可能不是解决方案。

标签： python pycharm rpy2

【解决方案1】：

尝试删除 RStudio 在您的目录中生成的所有文件。

【讨论】：

感谢您没有足够的声誉来发表评论，但这不是一个好的答案meta.stackexchange.com/questions/214173/…

【解决方案2】：

我遇到了同样的问题，经过广泛的研究和大量的反复试验，我有两个解决方案：

如果你可以使用 Jupyter notebook（即使在 Pycharm 中），导入 rpy2 模块时不会出现 cons memory exhausted 错误。
如果您在运行导入 rpy2 模块的代码时需要在 Pycharm 中使用 Python 控制台并希望避免此错误，我使用了一种解决方法。我注意到这个错误可能是由于在同一个项目中为 R 设置了一个活动的renv 环境。当 R 在同一个项目中设置与 Python 以及 renv 依赖管理时，根文件夹中有一个 .Rprofile 文件来激活 renv 以用于新的 R 会话。如果在导入 rpy2 模块时代码未执行（例如注释掉），则不会出现内存耗尽错误。导入 rpy2 模块后，renv 可以再次激活，所有 rpy2 代码将正常执行。此外，可以将 rpy2 定向到 renv 环境以使用来自 R 项目依赖项的包。为了总结解决方法的步骤，我编写了一个函数： 1. 打开 .Rprofile 并清除所有代码 2. 使用 Python 的 importlib 我导入必要的 rpy2 模块 3. 将 R_LIBS_USER 环境变量设置为 renv 的路径库路径 4. 从 .Rprofile 文件中删除注释。稍后我会把这段代码放到我的 Github 上。

【讨论】：