导入 rpy2（子模块）时有关 R_HOME 的错误答案

【问题标题】：Errors about R_HOME when importing rpy2 (submodule)导入 rpy2（子模块）时有关 R_HOME 的错误
【发布时间】：2018-01-27 21:38:07
【问题描述】：

导入 rpy2.robjects 时，出现以下错误。它说我必须设置 R_HOME 环境变量或将 R 解释器的目录添加到 PATH 中。但我不知道如何处理它。你如何解决它？我该怎么办？

问题只出现在idle，不出现在bash、sublime、pycharm或notebook中！

PS：我有R(3.4)和rpy2(2.8.6)，在mac下，导入rpy2没有错误

PSS：我试过 PATH="/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/bin:{PATH}" 导出路径。但我失败了。

>>> import rpy2.robjects as robjects

Traceback（最近一次调用最后一次）：文件“”，第 1 行，在将 rpy2.robjects 导入为 robjects 文件“/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages/rpy2/robjects/init.py”，第 16 行，在导入 rpy2.rinterface 作为 rinterface 文件“/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packages/rpy2/rinterface/init.py”，第 81 行，在 """) RuntimeError: 无法确定 R 主目录。

Try to install R <https://www.r-project.org/>,
set the R_HOME environment variable to the R home directory, or
add the directory of the R interpreter to the PATH environment variable.

【问题讨论】：

标签： python rpy2

【解决方案1】：

也许您在空闲时使用的 python 环境与在 bash、sublime、pycharm 和 notebook 中不同。我建议使用 anaconda 来管理多个环境。然后接受here 的建议，在您希望使用 rpy2 的 Python 环境中设置 R_HOME 环境变量。

【讨论】：

【解决方案2】：

我使用的是 Mac，因此这些步骤对我来说与其他答案不同。

从终端运行

{python3 -m rpy2.situation}

如果已经设置，这将给出 R_HOME 的值。对我来说，它如下所示：

rpy2 version:
3.4.5
Python version:
3.8.8 (default, Apr 13 2021, 12:59:45) 
[Clang 10.0.0 ]


Looking for R's HOME:
    Environment variable R_HOME: None

    Calling `R RHOME`: /Library/Frameworks/R.framework/Resources

    Environment variable R_LIBS_USER: None

R's additions to LD_LIBRARY_PATH:

R version:
    In the PATH: R version 4.1.2 (2021-11-01) -- "Bird Hippie"

    Loading R library from rpy2: OK

Additional directories to load R packages from:
None

C extension compilation:
  include:
  ['/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include']
  libraries:
  ['pcre2-8', 'lzma', 'bz2', 'z', 'icucore', 'dl', 'm', 'iconv']
  library_dirs:
  ['/usr/local/lib', '/usr/local/lib']
  extra_compile_args:
  []
  extra_link_args:
  ['-F/Library/Frameworks/R.framework/..', '-framework', 'R']

现在，在代码中，在您使用的任何 IDE（例如 PyCharm/Spyder）中，输入以下内容：
```
{import os

os.environ['R_HOME'] = '/Library/Frameworks/R.framework/Resources'}
```

【讨论】：

【解决方案3】：

你如何解决它？我该怎么办？

打开一个终端，写“R --version”，回车。如果你有 R，在同一个终端中输入“python”（import rpy2.robjects 就可以了）。如果R --version 未找到 R，则说明未设置 PATH 或未安装 R。

使用 Docker 和其中一个 Docker 映像的替代方法。

【讨论】：

问题只出现在idle。