从 rpy2 导入 robject 时出现分段错误核心转储错误答案

【问题标题】：Getting Segmentation fault Core dumped error while importing robjects from rpy2从 rpy2 导入 robject 时出现分段错误核心转储错误
【发布时间】：2017-01-13 20:08:16
【问题描述】：

手动安装 R 和 rpy2

安装成功，但出现上述错误。请帮帮我？

一些有用命令的输出：

>>> import rpy2
>>> rpy2.__path__
['/home/ashish/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.8.2-py2.7-linux-x86_64.egg/rpy2']
>>> import rpy2.robjects
cannot find system Renviron
/home/ashish/miniconda2/lib/python2.7/site-packages/rpy2-2.8.2-py2.7-linux- x86_64.egg/rpy2/rinterface/__init__.py:185: RRuntimeWarning: Fatal error: unable to open the base package


warnings.warn(x, RRuntimeWarning)
Segmentation fault (core dumped)

提前谢谢..

【问题讨论】：

请包括重现错误的步骤。
@cel 更新了我的问题。请帮助我，感谢您的快速评论。
“手动”还是使用 conda 安装程序？
手动@lgautier
您运行的 R 版本可能很重要。我注意到，至少对于 OS X 的 Anaconda 存储库，rpy2-2.8.2 是针对 R 3.3.1 构建的。分段错误可能是某种共享库版本不匹配。

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

如果您通过 conda 安装 rpy2，并且在同一台机器上安装了 R 系统（例如使用 RStudio），则将使用系统的 R 安装。由于此 R 版本与 rpy2 需要的版本不匹配，因此会出现分段错误。

1) 删除任何现有的 R 系统安装 (see here)。验证您没有安装任何 R：

$>which R
R not found

2) 在您的 .rc 文件中定义 R_HOME 环境变量：

export R_HOME=/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R

或在python项目中动态：

import os
os.environ['R_HOME'] = '/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R'

【讨论】：

这是黄金。解决了我尝试在 Python 中运行 R 时出现的“致命错误：无法初始化 JIT”问题。