R 包不安装在 Jupyter Notebook 中，但安装在 RStudio 和 R 应用程序中答案

【问题标题】：R Package Doesn't Install in Jupyter Notebook, But Installs in RStudio and R appR 包不安装在 Jupyter Notebook 中，但安装在 RStudio 和 R 应用程序中
【发布时间】：2017-04-08 22:28:50
【问题描述】：

我正在尝试在 Jupyter Notebook 中使用以下代码安装包 PerformanceAnalytics，我曾使用它成功安装过许多包，例如 ggplot2，使用以下代码：

install.packages("PerformanceAnalytics", repos='http://cran.r-project.org')

但我读到了许多其他问题，添加 dependencies=TRUE 可以解决问题。不幸的是，它没有。我不断收到以下错误消息。

install.packages("PerformanceAnalytics", repos='http://cran.r-project.org', 
dependencies=TRUE)

Warning message in install.packages("PerformanceAnalytics", repos = 
"http://cran.r-project.org"): “installation of package ‘PerformanceAnalytics’ 
had non-zero exit status”Updating HTML index of packages in '.Library'
Making 'packages.html' ... done

包在 R 应用程序和 RStudio 中安装没有问题。 Jupyter 需要这个特定的包吗？我正在使用 macOS 10.12.5。以下是我运行sessionInfo()时的信息。

R version 3.3.2 (2016-10-31)
Platform: x86_64-apple-darwin11.4.2 (64-bit)
Running under: macOS Sierra 10.12.5

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] R6_2.2.0        magrittr_1.5    IRdisplay_0.4.4 pbdZMQ_0.2-4   
 [5] tools_3.3.2     crayon_1.3.2    uuid_0.1-2      stringi_1.1.2  
 [9] IRkernel_0.7.1  jsonlite_1.1    stringr_1.1.0   digest_0.6.10  
[13] repr_0.10       evaluate_0.10

【问题讨论】：

你能超过你的sessionInfo()吗？在安装软件包之前尝试安装 Depends, Imports and Suggests on CRAN 中列出的每个软件包，可能会有所帮助。
正在查看：packageDescription("PerformanceAnalytics")，您可能无法从控制台看到，但应该可以在 CRAN 获得。我明白了：NeedsCompilation: yes。对于您可能正在开发的任何未公开的操作系统，您是否拥有所需的工具链？该文档还列出了 Imports:、Depends: 和 Suggests: 包。
@m-dz 我添加了sessionInfo() 输出。我尝试按照您的建议将每个包与 Imports、Depends 和 Suggests 分开安装，但我也遇到了与其他一些包相同的问题。 @42 我似乎只使用 NeedsCompliation: 是的包也遇到了同样的错误。我需要什么工具链？我还不熟悉安装包的这方面。

标签： r jupyter-notebook r-package

【解决方案1】：

Is it possible to install bioconductor package 'rain' in R Jupyter notebook? 问题的解决方案也解决了我的问题。我使用的是 Anaconda 的 R 版本。我卸载了 Anaconda，而是手动安装了 Jupyter Notebook 和 IRkernal，这解决了我的问题。有关完整详细信息，请参阅上述链接中的答案。

【讨论】：