无法在 Jupyter Notebook 中安装 R 包

Question

我正在尝试在 Jupyter 中运行 R 代码并添加了 R 内核。大多数情况下，软件包可以成功安装。但是，某些软件包，例如RCurl 和ggmap，在安装时会出错。

示例：

install.packages("RCurl")

install.packages("RCurl") 中的警告消息： “安装包‘RCurl’的退出状态非零”正在更新‘.Library’中包的HTML索引

制作“packages.html”...完成

我该怎么办？

Answer 1

没有其他人提供的指导对我有用，但我找到了这个指南，它很有效。当我只需要一些简单的命令时，我花了太多时间尝试所有这些。 https://developers.refinitiv.com/en/article-catalog/article/setup-jupyter-notebook-r

我已经安装了 R 和 python，所以我跳到了第 3 步。似乎唯一提到了 windows，但它在 mac 上也适用于我。关注他们之后，我能够在 jupyter 的单元格中使用 install.packages("dplyr", repos = "http://cran.us.r-project.org") 安装软件包。

Answer 2

install.packages("Hmisc", .libPaths(), repos='http://cran.us.r-project.org')

此命令将在 conda 中安装包 "/home/user/anaconda3/lib/R/library" 并使用 cran r 存储库作为源。

在 Anaconda 中添加路径
根据this answer, 还可以使用
.libPaths( c( .libPaths(), "~/userLibrary") )

在 anaconda 中添加其他路径以从（例如，R studio 保存用户安装的包的位置）加载库

例如，以下内容对我有用：
在 Anaconda 中：
.libPaths( c( .libPaths(), "C:\Users\name\Documents\R\win-library\3.5") )

当我尝试将anaconda的库路径添加到RStudio时，它在安装包后导致错误（程序入口点MARK_NOT_MUTABLE无法位于动态链接库中

将 name 替换为您的本地用户文件夹名称

在 RStudio 中添加/更改路径
用于更改默认用户安装的库路径的有用链接：
https://www.accelebrate.com/library/how-to-articles/r-rstudio-library

要查找软件包的安装位置：
find.package('package_name')

Answer 3

在尝试使用带有 R 内核的 Jupyter notebook 安装软件包时，我一直得到非零退出状态，并且在想要安装软件包时由于多个依赖项而失败。我不是任何这些方面的专家，所以如果我在解释时出错或者这对你来说不是问题，请原谅我，但请随时发表评论以澄清问题。我只想分享我的成功故事，希望它可以帮助其他人：我正在开发 MacBook Pro。以下是我在使用 R 内核的 jupyter notebook 上运行 R.version() 时得到的信息：

$platform           'x86_64-conda_cos6-linux-gnu'
$arch               'x86_64'
$os                 'linux-gnu'
$system             'x86_64, linux-gnu'
$language           'R'
$version.string     'R version 3.6.1 (2019-07-05)'

这些是解决问题的步骤：

1. 转到https://anaconda.org/

2. 搜索您尝试安装的软件包名称 复制为安装软件包提供的一行，它应该是这样的：

   Conda install -c r r-caret #conda install -c r r-package_name

注意：有时在安装包的过程中，系统会询问你是否要继续，所以在上述语句的末尾加上 --y 以继续，就像这样

Conda install -c r r-caret --y 

（为了安全起见，我总是会添加它）

1. 单击新启动器（+ 图标）以使用 PySpark 创建一个新笔记本（打开后具有 .ipynp 扩展名）
2. 在第一个单元格中粘贴第 2 步中复制的行并运行
3. 完成后，在当前笔记本上重新启动内核
4. 使用 R 内核在其他笔记本电脑上重新启动内核
5. 使用 R 内核在笔记本上运行 library(package_name)（例如 library(caret)）

Answer 4

使用 conda 注释：

conda install r-RCurl

Answer 5

在安装RCurl 和ggmap 时，尝试在install.packages 语句中将CRAN 指定为存储库。例如：

install.packages("RCurl", repos='http://cran.us.r-project.org')

installing R packages through Anaconda/Jupyter beyond those included in R essential 上的这篇 Stack Overflow 帖子提供了更多详细信息。

（旁注：我在尝试在计算机集群上安装 R 包时遇到了同样的问题。这个解决方案对我有用。）