如何在 jupyter-notebook 中安装 R-magic？答案

【问题标题】：How to install R-magic in jupyter-notebook?如何在 jupyter-notebook 中安装 R-magic？
【发布时间】：2019-09-04 15:24:37
【问题描述】：

我在jupyter中创建了一个名为“rpy2”的新环境并尝试使用%%R魔法但安装失败。

QN：如何在 jupyter-notebook 中使用 %%R 魔法？

平台：MacOS High Sierra

步骤

jupyter kernelspec list
conda create -n rpy2 python=3.7
source activate rpy2
which pip
/Users/poudel/miniconda3/envs/rpy2/bin/pip install rpy2
conda install ipykernel
python -m ipykernel install --user --name rpy2 --display-name "Py37rpy2"
jupyter-notebook

问题

# Now 
import rpy2 shows no error
import rpy2.rinterface  # gives error

注意

# I have checked all the files given in error log, all of them exist
  492  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  493  ls /usr/lib/libiconv.2.dylib
  494  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  495  /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib
  496  ls /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib

All shows given file, and none is missing.

错误

OSError: cannot load library '/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib': dlopen(/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib, 2): Symbol未找到：_libiconv 引用自：/Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib 预期在：/usr/lib/libiconv.2.dylib 在 /Users/poudel/miniconda3/lib/R/lib/libR.dylib

更新正如@akrun 所建议的，我尝试使用pyper，但加载一个库需要无限时间，当停止时显示它已损坏管道。

pip install pyper.

【问题讨论】：

我认为rpy2 没有正确安装。我在高山脉遇到了类似的问题，然后切换到pyper
@akrun 我们可以使用 %%R 也使用 pyper 吗？
略有不同，但我使用的方式适用于 jupyter
@akrun 刚试过pyper，谢谢。
但是，我更愿意从执行所有检查的 shell 脚本中进行安装等，而 pyper 将只是通过加载库等进行通信。可以获取脚本我更喜欢创建一个包，然后从调用函数中获取输出。此外，如果您定期运行这些作业，请尝试在本地设置 miniCRAN 并从中安装（以避免任何意外）

标签： r jupyter-notebook jupyter-irkernel

【解决方案1】：

如果您仍在寻找解决方案，这就是您所需要的。

启动笔记本

%load_ext rpy2.ipython

然后使用 R 魔法函数运行 R 单元

%%R

图书馆（“tidyverse”）

这适用于最新的 rpy2 版本 (3.4.5)。

【讨论】：