【问题标题】:Jupyter notebook: error installing R packagesJupyter notebook:安装 R 包时出错
【发布时间】:2016-06-23 21:03:12
【问题描述】:

我使用的是 Ubuntu 16.04。

我在我的 Jupyter 笔记本上运行了 R,并且所有包都带有“R Essentials”,工作正常。

但是,当我尝试安装“mice”或“bigmemory”等附加软件包时,安装总是失败。当它试图做

** 测试是否可以加载已安装的包

这是出现的错误信息:

dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 中的错误: 无法加载共享对象'/home/usr/anaconda3/lib/R/library/bigmemory/libs/bigmemory.so': /home/usr/anaconda3/lib/R/library/Rcpp/libs/../../../../libstdc++.so.6:找不到版本“GLIBCXX_3.4.20”(/home/usr 需要/anaconda3/lib/R/library/bigmemory/libs/bigmemory.so)

我试过sudo apt-get install libstdc++6 它说我的 libstdc++6 已安装并且已经是最新版本。我不知道为什么 R 安装程序找不到它..

【问题讨论】:

    标签: r ubuntu installation jupyter-notebook libstdc++


    【解决方案1】:

    我想通了!

    我很沮丧并完全卸载了 anaconda3 rm -rf ~\anaconda3。重新安装后,我查看了installing IRkernel的说明。我看到了这个:

    如果失败,请在输出中搜索以下内容:

    ** 测试安装的包是否可以加载 dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) 中的错误: 无法加载共享对象'/Users/[you]/anaconda/lib/R/library/rzmq/libs/rzmq.so': dlopen(/Users/[you]/anaconda/lib/R/library/rzmq/libs/rzmq.so, 6):库未加载:libzmq.5.dylib 引用自:/Users/[you]/anaconda/lib/R/library/rzmq/libs/rzmq.so 原因:找不到图片

    这意味着 rzmq 的 R 二进制包是针对与您系统上的不同版本的 libzmq 编译的。 它可以通过从源安装来修复

    所以我按照指示做了 install.packages('mice','/home/[usr]/anaconda3/lib/R/library/',type = 'source')

    成功了!我为'bigmemory'做了同样的事情。没有错误消息,我现在可以在 Jupyter notebook 上使用它们。

    【讨论】:

    • 感谢为 r 工作区创建一个环境,它不那么混乱了。
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