开始使用 Sweave

Question

我的问题可能没有标题所暗示的那么笼统。我正在使用 MySQL 数据库在 Mac OS X 上运行 R 来存储数据。我使用 Komodo / Sciviews-R 已经有一段时间了。最近我需要自动生成的报告并研究了 Sweave。我猜 StatET / Eclipse 似乎是 Sweavers 的“标准”解决方案。

1) 从 Komodo 切换到 StatET Eclipse 是否合理？我之前尝试过 StatET，但选择 Komodo 而不是 StatET，因为我非常喜欢来自 Komodo 的 calltip / autosuggest 和更方便的配置。

2) 生成 Sweave 文件的合理工作流程是什么？通常我会先开发我的 R 代码，然后再关心报告。我今天刚刚了解到，Sweave 中有一个文件同时包含 R 代码和 Latex 代码，并且从该文件中创建了 .tex 文档。虽然示例文件看起来很方便，但无法真正想象如何将我的 250 多行 R 代码输入到文件中并将其与 Latex 混合。

是否可以只在这样的文档中输入 qplot() 和 ggplot() 语句并以某种方式获取数据库连接和中间结果等功能？

还是只是习惯了混合使用 Latex 和 R 代码？

感谢您提供任何建议、提示、链接和回溯到根源...

Answer 1

你已经问了几个问题，所以这里有几个答案；

StatEt/Eclipse 是进行 Sweave 的正确方法吗？

不一定（注意：我是一个狂热的 StatEt/Eclipse 用户，并且将它用于纯 R 和 Sweave/R 并且喜欢它，我没有使用过 Komodo / sciviews-R）。您应该能够从任何将生成 .tex 文件的 R 命令行运行 sweave 命令。然后，您可以将 .tex 文件转换为可从任何 tex 环境读取的文件（如 pdf）。

什么是好的 Sweave 工作流程？

当我想将一个 r 脚本变成一个 sweave 报告时，我通常从一个空的 sweave 模板开始，然后将整个 R 脚本复制/粘贴到标题后面的一个 sweave R 块中，即；

<<label=myEntireRScript, echo=false, include=false>> 
#Insert code here
myTable<-dataframe(...)
myPlot<-qplot(....)
@ 

然后我浏览并找到我想要报告的部分。例如，如果我想在报表中放入一个表格，我将剪切 R 块并放入一个 xtable 块，变量和绘图也是如此。

<<label=myEntireRScript, echo=false, include=false>>=  
#Insert code here
@ 
Put any text I want before my table here, maybe with a \Sexpr{print(variable)} named variable

<<label=myTable, result=Tex>>= 
myTable<-dataframe(...)
print(xtable(mytable,...),...)
@ 
Any text I want before my figure
<label=myplot, result=figure>>= 
myPlot<-qplot(....)
print(qplot)
@ 

Answer 2

你可能想看看theserelatedSOposts。我的帖子的其余部分与您的问题 2 有关。

使用 Sweave 创建报告时，我通常将大部分 R 代码和报告文本分开。如果 R 代码运行速度很快，那么我更喜欢在 .Rnw 文件的开头包含以下内容：

<<>>
source('/path/to/script.r')
@

另一方面，如果 R 代码需要很长时间，我通常会在 R 脚本的末尾添加如下内容：

Sweave('/path/to/report.Rnw'); system('pdflatex report.tex')

这样，我可以快速重新生成报告，而无需再次运行所有 R 代码。然后，R 在 Sweave 文件中唯一要做的工作就是打印表格、制作图表并可能提取一些图形。

Answer 3

与 nullglob 一样，我更喜欢将 R 和 Sweave 文件分开，但我更喜欢使用 save.image() 而不是 source() 文件保存工作区。这避免了在编译每个 .Rnw 文件时运行 R 计算（而且我最终总是比我想要的更多地修改排版）。

我的一般工作流程是使用自己的 R 文件在其自己的文件夹中完成每篇论文/项目。当计算端“完成”时，我save.image() 将所有工作区变量按原样存储。

然后，在同一目录的 .Rnw 文件中，我将工作目录设置为 setwd()，并使用 load(".Rdata") 加载所有变量。当然，您可以更改用于工作区的名称，但我为每个文件夹创建一个工作区并保留默认名称。哦，如果您修改 R 文件，请务必保存工作区图像并注意在工作区和 .Rnw 文件中徘徊的变量，但不再是 R 文件的一部分......这就是 @987654326 @ 方法可能会让人有些头疼。

我在 Mac 上，如果你有点极客，我建议使用 TextMate，如果你真的很极客，我建议使用 emacs/ess。我使用 vim 和命令行 R，但 emacs/ess 最适合大多数人。如果您长期从事这项工作，我怀疑您会后悔为 R、Sweave 和 LaTeX 学习 emacs/ess。