开发 Sweave 文档的建议答案

【问题标题】：Recommendations for developing Sweave documents开发 Sweave 文档的建议
【发布时间】：2009-09-04 14:17:06
【问题描述】：

我希望简化我的Sweave 文档创建，并且我想了解人们当前的设置。我觉得圣杯是这样的：

编辑 Rnw 代码的一半屏幕
单键绑定编译 Sweave 文档并运行 pdflatex
查看PDF 在屏幕的另一半；一次编译后，PDF 会刷新并以您正在编辑的文档部分为中心
如果编译有错误，请将 PDF 替换为编译结果（例如 Latex 错误或 Sweave 错误）

我猜测/希望解决方案是 Emacs/ESS 的一部分，结合了 Emacs 配置文件的一些代码和/或一个不错的 Makefile。但我真的很想听听每个人创建 Sweave 和/或 Latex 文档的首选方式。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我交谈过的其他一些 R 用户使用“每个项目一个目录”设置和一个简单的 Makefile。正如您所怀疑的，这适用于 Emacs/ESS。

我倾向于只调用一个简单的 shell 脚本sweave，这是我在添加“R CMD Sweave”之前编写的（因为我发现重新创建或复制 Makefile 没有吸引力，YMMV）。我还使用 Emacs 和自动刷新的 pdf 查看器（如 okular 或 kpdf）。 Emacs23 也可以直接预览 pdf 文件，但我的工作流程还没有切换到那个。

edd@ron:~$ cat bin/sweave
#!/bin/bash -e

function errorexit () {
    echo "Error: $1"
    exit 1
}

function filetest () {
    if [ ! -f $1 ]; then
       errorexit "File $1 not found"
    fi
    return 0
}


if [ "$#" -lt 1 ]; then
    errorexit "Need to specify argument file"
fi


BASENAME=$(basename $1 .Rnw)

RNWFILE=$BASENAME.Rnw
filetest $RNWFILE
echo "library(tools); Sweave(\"$RNWFILE\")" \
      | R --no-save --no-restore --slave

LATEXFILE=$BASENAME.tex
filetest $LATEXFILE && pdflatex $LATEXFILE

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以使用 Eclipse 的 StatET 插件执行您建议的所有操作。这就是我用于 Sweave 开发的方法；它非常了解latex和R，包括语法高亮等。

您可以在这里获取：http://www.walware.de/goto/statet。

Longhow Lam 写了一篇不错的指南：http://www.splusbook.com/Rintro/R_Eclipse_StatET.pdf。

http://www.statalgo.com/?p=93

【讨论】：

我同意。 Sweave、StatET 和 Eclipse 可以很好地协同工作。我写了一篇文章，描述了一种使用 Eclipse 配置 Sweave 的方法 bit.ly/adfhZ1
（splusbook 链接已损坏。但是我用谷歌搜索了它，以下看似等效的替代方法对我有用：splusbook.com/RIntro/R_Eclipse_StatET.pdf）

【解决方案3】：

我在 OS X 上使用TeXShop 来生成我所有的 LaTeX 和 Sweave 报告。对我来说，一个新的编译管道就像添加一个名为 Sweave.engine 到 ~/Library/TeXShop/Engines/ 的文件一样简单，其中包含以下内容：

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(T)

fname <- strsplit(args[1],'\\.')[[1]][2]

Sweave(paste(fname,'Rnw',sep='.'))

system(paste('pdflatex',paste(fname,'tex',sep='.')))

Sweave 现在是在 TeXShop 中编译文档的可选方法。我可以通过在文件顶部添加以下 TeX hash-bang 将其设置为文档的默认值：

% !TEX TS-program = Sweave

点击 Cmd-T 将排版文档 - pdf 会自动在单独的窗口中弹出。 TeXShop 还结合了SyncTeX 技术，因此 Rnw 源中的 Cmd-Click 将突出显示 PDF 窗口中的相应输出，PDF 窗口中的 Cmd-Click 将突出 Rnw 源中的相应输入。

TeXShop 仅适用于 mac，但基于 Qt/poppler 的出色克隆 TeXworks 可用于 Linux、Windows 和 Mac，并支持许多相同的功能——包括 TeX hash-bangs 和 SyncTeX。 TeXworks 已经达到了一定的成熟度，它包含在 Windows 的 MikTeX 包的 2.8 版中。

【讨论】：

我喜欢直接使用Rscript！如此多的解决方案调用了一个 shell 来调用 R... 作为记录，用于处理文件扩展名的 strsplit 和 paste 不是必需的 - Sweave 和 pdflatex 都会自动添加扩展名。
我认为在我写这篇文章的时候这是必要的，因为 TeX Shop 将整个文件名 File.Rnw 传递给了引擎。 Sweave 可以接受，但 pdflatex 会窒息。
所以 - 你说你有 .Rnw 和 .pdf 文件之间的 cmd-click。您是否也必须跳过这些箍：cameron.bracken.bz/…
不，我没有——所以 SyncTeX 支持可能有点偏离。但我倾向于写很多小的 Sweave 块而不是小块，所以 SyncTeX 让我“在球场上”，我没有注意到与不使用索引相关的问题。

【解决方案4】：

试试RStudio。

我一直是Emacs 和TeXShop 的粉丝，正如之前的回答中提到的那样。

但是，Rstudio 开始赢得我的青睐。这是一个快速改进的 R 专用 IDE。绝对值得一试。

我仍然喜欢在standard R IDE for mac 中执行某些仅限 R 的开发任务。但同时对于 Sweave 文档和一些相关的 R 开发，RStudio 胜出。它几乎可以进行零调整。我不确定原始问题后半部分中与 PDF 相关的功能。

【讨论】：

【解决方案5】：

为我节省了一些时间的一件事是 emacs 中的“自动插入”模式。我已经设置好了，每次我打开一个新的 .rnw 文件时，emacs 都会自动设置一个基本的文档模板，我需要做的就是开始编写我的报告。

更新：我已不再使用自动插入。现在我使用“template.el”方法。

【讨论】：

【解决方案6】：

我也使用“每个项目一个目录”和 Makefile 方法。我还包括在 HTML 中创建输出的命令，然后可以使用 tth 将其转换为 OOo 和 MS Word。这对我来说很重要，因为我的很多合作者都是 MS Office 用户并且拒绝使用 PDF 输出。我从范德比尔特的 Frank Harrell 的 twiki 学到了很多关于如何做到这一点的知识。

我个人使用 gvim 作为我选择的编辑器，从那里运行 make 非常简单，就像在 Emacs 中一样。

【讨论】：