如何在 ImageJ 中将不同的堆栈合并在一起？答案

【问题标题】：How to merge different stacks together in ImageJ?如何在 ImageJ 中将不同的堆栈合并在一起？
【发布时间】：2020-06-19 17:23:14
【问题描述】：

我正在尝试找到一种将两个堆栈合并在一起的方法。例如，我正在拍摄一些关于神经元体细胞的 60X 图像，然后我将在 60X 拍摄另一个堆栈以获取基底树突。那么我怎样才能将它们结合在一起呢？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

组合堆栈

您可能想要创建一个合成图像，每个图像堆栈形成组合多通道图像中的一个通道。您可以使用Merge Channels 命令执行此操作：

只需分别打开每个图像堆栈，然后运行 Image > Stack > Merge Channels...，将每个图像堆栈分配给所需的通道。结果将是各个平面的合成。

或者，如果您的意思是以某种数学方式合并每个平面（尽管我猜不是），Image Calculator 命令可以使用各种操作合并两个堆栈：

我还猜想您的图片需要先进行共同注册，特别是因为您使用 alignment 标记了这个问题。

ImageJ 的Fiji 分发版有几个很好的工具，包括：

请参阅Fiji wiki 了解其他选项。

【讨论】：

您是否知道任何 ImageJ 插件允许手动（例如，使用鼠标）共同注册两个堆栈并将一个堆栈重新采样到另一个堆栈的几何形状中？当我只需要严格对齐两个堆栈时，我已经厌倦了尝试无数种最终效果不佳的自动注册算法。
@bers “按行 ROI 对齐图像”插件是一种手动配准方法，仅适用于两个图像。 imagej.net/Align_Image_by_line_ROI
是的 - 我需要堆栈，但是☺️
@bers 也许 ImageJ 论坛上的 this thread 会有所帮助。
这看起来确实很有帮助。由于我同时使用 MITK 找到了一个可行的解决方案，所以我现在不会去尝试了解如何在 SIPM 中打开实际数据的麻烦；）但很高兴知道如果我需要我可以这样做。谢谢！

【解决方案2】：

在您打开所有“迷你堆栈”后，去：图片>堆栈>工具>连接

【讨论】：

【解决方案3】：

我不确定你所说的结合是什么意思。

合并通道创建一个复合体，其中一种颜色的体细胞堆栈和另一种颜色的树突。

如果你想让树突靠近体细胞（制作拼接的马赛克），你可以使用 Stacks 下的“Combine”命令。您必须确保用于组合的边的尺寸相同。也就是说，您可以垂直组合 512x512 图像和 512 x 128 图像，并且可以水平组合 512x512 和 128x512 图像。

如果您想在第一个堆栈的末尾添加第二个堆栈，请使用“连接”，也在堆栈下。

【讨论】：

【解决方案4】：

叠加荧光和DIC

【讨论】：

【解决方案5】：

我猜你想要做的是以下内容：

【讨论】：