Imagej：将堆栈另存为动画 gif答案

【问题标题】：Image J: Save stack as animated gifImagej：将堆栈另存为动画 gif
【发布时间】：2015-11-11 16:11:08
【问题描述】：

我有几个来自共聚焦显微镜的图像堆栈保存为 .lsm，我想编写一个宏：

在文件夹中打开图像
制作合成，然后堆叠为 RGB，然后设置动画选项
将此作为动画 Gif 保存到另一个文件夹

到目前为止我所做的：

function stack_to_gif(input, output, filename, fps) {
    open(input + filename);
    run("Make Composite");
    run("Stack to RGB", "slices");
    run("Animation Options...",  "speed=fps");
    run("Animated Gif ... ", "name=title=[Do not use] optional=[] " +
    "image=[No Disposal] set=500 number=-1 transparency=[No Transparency] "     +
    "red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=output+filename");
    saveAs("Animated Gif...", output+filename);
    close();
}

inputDir=getDirectory("Choose an input location");
outputDir=getDirectory("Choose an output location");
fps=120;

setBatchMode(true);
list = getFileList(inputDir);
for (i = 0; i < list.length; i++){
    stack_to_gif(inputDir, outputDir, list[i], fps);
}
setBatchMode(false);

我知道这两个底部部分在我在另一个宏中使用它们时也可以使用。

我的问题在于 saveAs("Animated Gif...") 部分，因为它不允许我保存 RGB 类型，即使我手动保存它也可以。

到目前为止我尝试了什么：

在 saveAs("Animated Gifs...") 中使用相同的 run("Animated Gifs...") 选项
使用其中一种，但不能同时使用两种
使用运行（“8位”）；在动画选项之后，它有效（但我失去了颜色）

让我烦恼的是，当我手动操作时它工作得非常好，但我收到错误消息

要保存为动画 GIF，必须通过 Image>Type>8 位颜色命令将堆栈转换为 8 位索引颜色。

我不知道为什么我自己做时不会发生这种情况。

感谢您的帮助。

【问题讨论】：

有关 ImageJ 使用和与 ImageJ 和 Fiji 插件相关的特定命令的问题最好直接发送至ImageJ forum，ImageJ 专家更有可能阅读和回答。

标签： macros animated-gif imagej

【解决方案1】：

当我使用宏录制器（Plugins > Macros > Record...）录制File > Save As > Animated Gif...对应的命令时，我得到以下命令：

run("Animated Gif ... ", "name=[my new name] set_global_lookup_table_options=[Do not use] optional=[] image=[No Disposal] set=20 number=-1 transparency=[No Transparency] red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=/usr/temp/animated.gif");

在您的命令中，name=title=[Do not use] 部分似乎是错误的。如果要使用当前图片标题，使用字符串连接插入变量的内容：

run("Animated Gif ... ", "name=[" + myTitle + "] set_global_lookup_table_options=[Do not use] optional=[] image=[No Disposal] set=20 number=-1 transparency=[No Transparency] red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=/usr/temp/animated.gif");

但无论如何，name 参数不是必需的，因为它会被包含整个文件路径的 filename 参数覆盖，因此您可以放心地离开它。

以同样的方式，您可以省略任何与默认值相同的参数。在我的测试中，这同样有效：

run("Animated Gif ... ", "set=20 filename=/usr/temp/animated.gif");

注意：保存动画 gif 时，播放速度完全由 Set delay in milliseconds 参数决定（在我的示例中为set=20），因此运行@987654330 @ 对保存的文件没有影响。（请参阅source code。wiki page 似乎已经过时/错误。请自行更正文档，这是一个 wiki。）

【讨论】：

【解决方案2】：

我们遇到了同样的问题。您需要将“set_global_lookup_table_options”中的选项从 [Do not in use] 更改为 [Load from Current Image]。此功能以 50us 延迟 (set=50) 将 z-stacks 保存为动画 gif 并且可以解决颜色问题。

function animated_gifZ(input, output, filename)
{
open(input + filename);
run("RGB Color", "slices");
run("8-bit Color", "number=256");
run("Animated Gif ... ", "set_global_lookup_table_options=[Load from Current Image]" +
"optional=[] image=[No Disposal] set=50 number=-1 transparency=[No Transparency]" +
"red=0 green=0 blue=0 index=0 filename=output+filename");
saveAs("Animated Gif...", output+filename);
close();
}

如果你想加快速度，你可以使用：

function gifZ(input, output, filename)
{
open(input + filename);
run("RGB Color", "slices");
run("8-bit Color", "number=256");
run("Properties...", "frame=[0.1 sec]");
saveAs("Gif", output+filename);
close();
}

希望对您有所帮助。

【讨论】：