如何在不首先复制的情况下在 ImageJ 中裁剪堆栈

Question

我正在使用 imageJ 进行活细胞的自动显微镜检查。

显微镜将载物台置于所需单元的中心，获取 Z 堆栈，并将此堆栈传递给 imageJ。

然后我想使用分析粒子来输出每个 Z 切片中单元格的面积。 （这很好用）

为此，我使用了一个执行以下操作的宏：

1. 选择了一个区域。
2. 所选区域堆栈被复制
3. 堆栈已自动设置阈值。
4. 为堆栈运行分析粒子（不包括边界上的对象）
5. 找到最大面积结果
6. 相应的 z 切片打印在文件中以供进一步工作。

这一切都很好，除了重复步骤对于管道来说太慢了。我需要以某种方式避免重复步骤。

有没有办法在不首先复制的情况下裁剪堆栈？ （目前这会丢失除一个切片之外的所有信息）

或者，我可以只对选定区域应用阈值并分析粒子吗？

Answer 1

可以在宏中使用run("Crop"); 在适当的选择之后完成堆栈的裁剪。