在 ImageJ 中合并 3 个堆栈

Question

有没有办法将 3 叠并排“堆叠合并”。

图像>堆栈>工具>组合

支持并排组合 2 个堆栈。解决这个问题的两种方法：

• 合并前 2 个，然后将合并后的图像合并到第三个堆栈
• 创建一个执行上述操作的宏

run("Combine...", "stack1=STAC1_NAME stack2=STACK2_NAME"); run("Combine...", "stack1=[Combined Stacks] stack2=STACK3_NAME");

还有其他方法可以做到这一点，例如并排组合 20 个堆栈。

添加了代码片段/

//Specify Folders here//
output = "PATH";
combined = "PATH";
original= "PATH";

//Batch Mode for ImageJ
setBatchMode(true); 
list = getFileList(input);
for (i = 0; i < list.length; i++) {
        combine(original, output, combined, list[i]);
}
setBatchMode(false);
function combine(original, output, combined, filename) {
//Open Outline & Overlay for Combine Stack//
name_outline = filename + "_outline.png";
name_overlay = filename + "_overlay.png";
name_ellipse = filename + "_ellipse.png";
name_original = replace(filename, "_watershed.tif", ".tif");
open(original + name_original);
run("RGB Color");
open(output + name_overlay);
run("RGB Color");
open(output + name_outline);
run("RGB Color");
open(output + name_ellipse);
run("RGB Color");
run("Combine...", "stack1=filename stack2=name_overlay");
rename("combinedstack01");
run("Combine...", "stack1=name_outline stack2=name_ellipse");
rename("combinedstack02");
run("Combine...", "stack1=combinedstack01 stack2=combinedstack02");
saveAs("PNG", combined + filename + "_comb.png");
run("Close All");
}

Answer 1

根据文档，没有：

http://imagej.net/Stack_Manipulation

http://imagej.net/Stack-slice_Manipulations

但是，您可以使用 combine 方法轻松地批处理整个堆栈文件夹，请参阅：

http://imagej.net/Batch_Processing

这里是一个示例宏

例如（调整路径！- 堆栈为此脚本命名为 'stack1'、'stack2'、....）：

input = "C:\\Users\\test\\Pictures\\combine";
open("C:\\Users\\test\\Pictures\\combine\\stack1.tif");
rename("combinedStack");
list = getFileList(input);
for (i = 1; i < list.length; i++){
  open(list[i]);
  title=getTitle();
  run("Combine...", "stack1="+title+" stack2=combinedStack");
  rename("combinedStack");
}