如何使用 imageJ 合并不同的通道并进行 z 堆栈平均答案

【问题标题】：how to use imageJ to merge different channels and do a z stack average如何使用 imageJ 合并不同的通道并进行 z 堆栈平均
【发布时间】：2015-02-11 06:47:06
【问题描述】：

我有十个 tiff 文件，每个文件都包含两个通道的成像数据，我想为两个通道标记不同的颜色，然后进行 z 投影，有人知道怎么做吗？

【问题讨论】：

标签： imagej imagej-hyperstack

【解决方案1】：

首先，让自己熟悉一下 ImageJ 显示pseudocolor and composite images 的概念。

使用File > Import > Image Sequence... 将您的 tiff 文件作为堆栈打开。您可能需要使用 Image > Hyperstacks > Stack to Hyperstack... 将您的堆栈转换为 2 通道、10 片超堆栈。然后使用Image > Stacks > Z Project... 创建 z 投影。

在执行这些命令时使用macro recorder 将为您提供代码（automate 任务所需）：

run("Image Sequence...", "open=/path/to/your/files file=tiff sort");
run("Stack to Hyperstack...", "order=xyczt(default) channels=2 slices=10 frames=1 display=Color");
run("Z Project...", "projection=[Average Intensity]");

【讨论】：