试图猜测 R 的 HOME 但 PATH 中没有 R 命令。操作系统 10.6答案

【问题标题】：Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH. OsX 10.6试图猜测 R 的 HOME 但 PATH 中没有 R 命令。操作系统 10.6
【发布时间】：2013-12-10 18:01:09
【问题描述】：

我正在尝试安装 rpy2，但遇到了一个常见问题。不幸的是，我找到的所有解决方案都是针对 win7 的

我已经安装了 Python 2.7 和 R 2.15。然后我在终端上写字

easy_install rpy2

或者，或者，

pip install rpy2

同样的结果：

Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH

我该怎么办？

【问题讨论】：

您通常如何从命令行调用r？
从来没有这样做过：我已经安装它以与 rpy2 一起使用。但是我可以从应用程序文件夹中单击图标启动它；我也可以获得信息：它说 R.app 但如果我在终端上尝试它似乎不起作用。
打开您的终端类型 echo export path=$path./bin/R/ >> ~/.bashrc 并重新启动您的计算机（将 /bin/R 替换为您的实际 R 可执行文件的路径......我认为这至少可以工作（我认为 mac 有 .bashrc 文件)
@JoranBeasley -- 重启似乎有点重，你不觉得吗？你不希望一个简单的source ~/.bashrc 工作吗？
这件事解决了吗？

标签： python r macos rpy2

【解决方案1】：

确保您已安装 R

brew install r

然后安装rpy

pip install rpy2

【讨论】：

【解决方案2】：

rpy2 代码进行了错误的检查。 R 可能完全没问题，但 rpy2 使用了不可靠的检查。

要检查R，rpy2 使用subprocess.check_output。但是，这是在 python 2.7 中引入的（AFAIK）。

如果您使用的 python 版本低于 2.7，那么您应该至少更新到 2.7。

如果你必须使用python 2.6，那么你应该看看this answer to see how to force subprocess.check_output into python 2.6，最后让你安装rpy2。这是我必须做的，因为我无法更新 python 的版本。

下载rpy2 代码，编辑其setup.py 并插入该答案中的代码。

【讨论】：

@dww，更新 python 也可以解决这个问题。这当然是最简单的解决方案！但我忘记了这一点，因为我无法控制我使用的服务器，也无法更新系统范围的 python。我会编辑我的答案

【解决方案3】：

我遇到了同样的问题（在 Mac 上），我在网上找到的解决方案都没有奏效。唯一对我有用的是：

conda 更新 python

pip install rpy2

【讨论】：

【解决方案4】：

使用easy_install rpy2 就可以了。

http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/overview.html#download

确保您已安装 setuptools。

如果你不知道怎么做，check this link

您可以只运行 ez_setup.py 并让它为您决定。

将 C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin\i386（R.dll 的路径）添加到环境变量 PATH 中
使用 C:\Program Files\R\R-2.12.1 添加环境变量 R_HOME
使用您的 Windows 用户名添加环境变量 R_USER

【讨论】：

【解决方案5】：

安装对我有用

pip install rpy2

但不是在我这样做的时候

sudo pip install rpy2

因此，如果您使用 sudo 而没有提及它，这可能会对您有所帮助。我还尝试从源代码手动安装，当我仅使用“python setup.py install”进行安装步骤时，它有效，但不适用于 sudo！

我在 CentOS 7 上使用 Python 2.7 和 R 3.2（作为 root 用户）进行了此操作。关于 sudo 的行为，请参阅this question。

【讨论】：