错误：试图猜测 R 的 HOME 但在 centos 的 PATH 中没有命令（R）答案

【问题标题】：Error: Tried to guess R's HOME but no command (R) in the PATH on centos错误：试图猜测 R 的 HOME 但在 centos 的 PATH 中没有命令（R）
【发布时间】：2016-01-06 11:47:00
【问题描述】：

我正在使用 R 2.7.2 和 python 2.6.6 并在 centos 6.7 上下载了 rpy2-2.7.6 。我正在尝试使用多种方式在 centos 上安装 ryp2。

python setup.py build --r-home=/usr/lib64/R/lib install
pip install ryp2

遇到常见错误：

Error: Tried to guess R's HOME but no command (R) in the PATH " .

除此之外，我还在.bashrc 中添加了 PATH 和 LD_LIBRARY_PATH，其中包含 R_home 和 R bin 路径。

仍然出现同样的错误。请帮我解决这个问题。

【问题讨论】：

标签： python rpy2

【解决方案1】：

以下内容适用于仍在运行 Python 2.6 的 RHEL6。为了让 rpy2 安装脚本找到 R，我们需要将 Python 2.7 中的一些代码复制到 rpy2 的安装文件中。
运行后

pip install rpy2

正如您所描述的那样失败，输出告诉我们在哪里寻找下载的代码（例如 /tmp/pip-build-meuser/rpy2/ ）

访问该文件夹并编辑 setup.py 在第一个“def”行之前添加以下代码：

import subprocess

if "check_output" not in dir( subprocess ): # duck punch it in!
    def f(*popenargs, **kwargs):
        if 'stdout' in kwargs:
            raise ValueError('stdout argument not allowed, it will be overridden.')
        process = subprocess.Popen(stdout=subprocess.PIPE, *popenargs, **kwargs)
        output, unused_err = process.communicate()
        retcode = process.poll()
        if retcode:
            cmd = kwargs.get("args")
            if cmd is None:
                cmd = popenargs[0]
            raise subprocess.CalledProcessError(retcode, cmd)
        return output
    subprocess.check_output = f

保存文件。现在再次尝试您的 pip install 行；它应该工作。

供参考，该来源来自https://hg.python.org/cpython/file/d37f963394aa/Lib/subprocess.py#l544 解决方案来自一个类似的问题，subprocess.check_output() doesn't seem to exist (Python 2.6.5)

如果您碰巧在没有 root 访问权限的服务器上运行，您可能会使用安装命令

pip install --upgrade -v --user rpy2

将最新的 rpy2 安装到您的本地（用户）帐户中。其他一切都一样。

【讨论】：

我有同样的问题，想应用你的解决方案。但是，错误行中报告的目录在创建后立即被删除。有什么办法可以克服吗？
对不起。我已经离开 RHEL。其他人可以帮忙吗？虽然 Ctrl-z 会中断/暂停 pip 进程...（键入“fg”以恢复它）

【解决方案2】：

为什么要使用 pip 而可以按如下方式安装包：

sudo apt-get update

sudo apt-get install python-rpy2

【讨论】：