在 R Shiny 中运行系统命令

Question

我有以下服务器函数，它从 ui 中的 inputFile 选项卡获取两个输入文件。

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  fileInput("CF", label = "CF"),
  fileInput("ED", label = "ED"),
  actionButton("Run", "Run")
)


server <- function(input, output, session) {
    cf_file <- reactive({ 
        cfFile <- input$CF
        return(cfFile$datapath)
    })

    ed_file <- reactive({ 
        edFile <- input$ED
        return(edFile$datapath)
    })

    table_content <- eventReactive(input$Run, {
        req(input$ED$datapath)
        req(input$CF$datapath)
        file_ed <- ed_file()
        file_cf <- cf_file()

        ##the system command uses external program which takes input files (file_cf and file_ed) from fileInput. The command will look like:
        #/bin/qt con ed -i file_cf -p file_ed > file_ed.db#

        system(paste("/bin/qt con ed -i", file_cf, "-p", file_ed, ">", file_ed,".db" ))
    })
}
shinyApp(ui, server)

我有两个问题：

1) 系统命令在这里不起作用，导致错误：

qt: Error reading file '/var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmpISFd3V/aac5eff9961beb644d8ec5e0/0.phe': End of file

系统命令通过将“.db”添加到其中一个输入文件来获取两个输入文件并写入输出文件。谁能指出上述系统命令有什么问题？

我已经在https://community.rstudio.com/t/system-call-within-r-shiny/11405/3关注了类似的查询

2) 如果系统命令有效，如何将输出文件中的输出渲染到 table_content？

尝试与错误： 我尝试使用paste0()，但没有成功，这次出现了一个不同的错误，它没有读取输入文件 file_cf 和 file_ed。

 system(paste0("/bin/qt con ed -i ", file_cf, " -p ", file_ed, " > ", file_ed,".db"))

`Error accessing  file '/var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmpjqfSir/6a3263bc18297e4b6567979e/0.cf -p/var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmpjqfSir/02b964d65d0f0b1a9476a8be/0.ed': No such file or directory` 

然后使用system2：

system2(paste0("/bin/qt con ed -i ",file_cf, " -p ", file_ed, " > ", file_ed,".db" ))

sh: /bin/qt con ed -i /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmpjqfSir/ebc57ae122e171f074281112/0.cf -p /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmpjqfSir/15a75f8fbe5992bd82ab8a22/0.ed > /var/folders/z0/kms9x7hd6hgdtbtk3kxnjcjxw2_l57/T//RtmpjqfSir/15a75f8fbe5992bd82ab8a22/0.ed.db: No such file or directory
Warning in system2(paste0("/bin/qt con ed -i ",  :
  error in running command

上面的 sh: 命令在 R 外部的 shell 中运行时由 R 生成，使用它工作的 tmp 路径，并且可以在 tmp 路径中看到输出文件。但是当它在 R 中使用 system 和 paste0 运行时，会出现上述错误。

Answer 1

我不知道您使用哪些文件作为输入，所以我只使用了图像并查看了输出的系统命令，如下所示：

/bin/qt con ed -i C:\Users\**\AppData\Local\Temp\RtmpohWHcF/08b770ef9620ce852841b792/0.png -p C:\Users\**\AppData\Local\Temp\RtmpohWHcF/b2fdf736bf904194d709b66c/0.png > C:\Users\**\AppData\Local\Temp\RtmpohWHcF/b2fdf736bf904194d709b66c/0.png .db

问题出在行尾，因为.db之前有一个空格。 我不知道这是否能解决您的问题，但这可能是第一步；）

所以试试这个命令：

paste0("/bin/qt con ed -i ", file_cf, " -p ", file_ed, " > ", file_ed,".db")

它使用paste0，它不包含空格，因此您将它们包含在字符串部分中。系统命令的最后一个输入将具有双重扩展名（如.png.db）。要摆脱它，您可以使用：

file_ed2 <- tools::file_path_sans_ext(file_ed)

并将其分配给最后一个系统 cmd 输入。

如果还是不行，你也可以试试system2 命令来代替system。这有时对我来说效果更好。

要回答问题2，我需要知道它是什么类型的输出以及如何加载和渲染它？但无论如何，reactivePoll 函数可能在这里工作。

-- 应用程序

library(shiny)

ui <- fluidPage(
  fileInput("CF", label = "CF"),
  fileInput("ED", label = "ED"),
  actionButton("Run", "Run"),
  verbatimTextOutput("code")
)

server <- function(input, output, session) {
  cf_file <- reactive({ 
    cfFile <- input$CF
    return(cfFile$datapath)
  })

  ed_file <- reactive({ 
    edFile <- input$ED
    return(edFile$datapath)
  })

  table_content <- eventReactive(input$Run, {
    req(input$ED$datapath)
    req(input$CF$datapath)
    file_ed <- ed_file()
    file_cf <- cf_file()

    file_ed2 <- tools::file_path_sans_ext(file_ed)

    paste0("/bin/qt con ed -i ", file_cf, " -p ", file_ed, " > ", file_ed2,".db")
  })

  output$code <- renderText({
    req(table_content())
    table_content()
  })
}

shinyApp(ui, server)