【问题标题】:Encountering error when installing rpy2: Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH安装 rpy2 时遇到错误:试图猜测 R 的 HOME 但 PATH 中没有 R 命令
【发布时间】:2015-07-16 23:07:30
【问题描述】:

我在这里和其他地方看到了很多关于这个错误的帖子,但没有一个建议的解决方案似乎是相关的。我在Python 2.7.9,我有an R executable in my path,我正在尝试将它安装在不是Windows 的RHEL 服务器上。

这是我看到的具体错误。有谁知道是什么导致它或如何解决它?谢谢!

$ pip install rpy2
Downloading/unpacking rpy2
  Downloading rpy2-2.5.6.tar.gz (165kB): 165kB downloaded
  Running setup.py (path:/tmp/pip_build_my520/rpy2/setup.py) egg_info for package rpy2
    Error: Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH.
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Error: Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH.

【问题讨论】:

  • 那么,您在哪里安装了 R(以及您的 python 会话中的 $PATH 是什么)? (我认为 rpy2 只是一个接口包,但我只能通过镜子的 R 侧看到关于 SO 的 rpy2 问题。)有很多 R 用户感到困惑的实例,因为“系统”路径不一定与从 R 会话中看到。
  • 是的,我已经安装了它。我现在在 HPC 集群上,我切换到不同的环境模块(R 3.0.2 而不是 R 3.0.0)并修复了它。不完全确定为什么,但我会接受的。

标签: python r rpy2


【解决方案1】:

从 Christoph Gohlke 的 Python Extension Packages for Windows 存储库 here 下载 rpy2‑2.7.5‑cp35‑none‑win_amd64.whl 文件。使用命令行,切换到下载文件夹并运行:

pip install rpy2‑2.5.5‑cp34‑none‑win_amd64.whl

这应该可以解决 R 目录问题,并且 rpy2 应该可以很好地安装。全部归功于MattDMo

【讨论】:

  • 只是想补充一下:如果cp34不起作用,如果你使用python27,请尝试下载rpy2-2.7.8-cp27-none-win_amd64.whl。
  • 我在 Heroku 上遇到了类似的错误,我不知道如何在 Heroku 上应用它。在我的情况下,当 Heroku 在我的需求文件中安装 rpy2 时,它会转到以下链接以下载 rpy2,然后产生错误。 files.pythonhosted.org/packages/02/d1/…
【解决方案2】:

此问题在较低版本 rpy2 中可用。安装以下版本后,已解决。

rpy2==3.4.2

【讨论】:

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