smacofSym 的困难 - 多维缩放答案

【问题标题】：Difficulty with smacofSym - multidimensional scalingsmacofSym 的困难 - 多维缩放
【发布时间】：2016-11-14 10:37:39
【问题描述】：

我有一个关于 Smacof 包中的 smacofSym 函数的问题。我正在使用 R 版本 3.1.0 到 RStudio 版本 0.98.501。

我正在使用以下命令：

MDSdata <- smacofSym(DJaccardMatrix, ndim=2, metric=FALSE, verbose=TRUE).

我在下面包含了我正在使用的数据 (DJaccardMatrix) 的详细信息。每次我运行 smacofSym 时，我都会得到一个配置，其中最终配置就在彼此之上。以下是结果示例：

MDSdata$conf
         D1          D2
1    0.06259624 -0.01494732
2    0.06276541 -0.01480409
3    0.06266933 -0.01492375
4    0.06262438 -0.01496111
5    0.06243336 -0.01496193
6    0.06258047 -0.01502270
7    0.06247747 -0.01500037 .......

为了检查结果，我在 XLStat 上运行了相同的矩阵，得到了我所期望的结果，一组分布更加分散的点。在查看了其他一些帮助请求后，我尝试将 smacofSym 作为矩阵和 dist 运行，但都没有影响结果。

这是我关于 DJaccardMatrix 作为矩阵的信息：

num [1:121, 1:121] 0 0.969 0.679 0.704 0.939 ...
attr(*, "dimnames")=List of 2 
..$ : chr [1:121] "1" "2" "3" "4" ...
..$ : chr [1:121] "1" "2" "3" "4" ...

这是我关于 DJaccardMatrix 作为 dist 对象的信息：

Class 'dist'  atomic [1:7260] 0.969 0.679 0.704 0.939 0.8 ...
  ..- attr(*, "Size")= int 121
  ..- attr(*, "call")= language as.dist.default(m = dissmat)
  ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE
  ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE

我很感谢人们提出的任何建议。我假设它是非常基本的东西，但我绝对找不到它。（附带说明 - 随意忽略这一点，因为它与解释有关 - smacof 报告的非度量压力与 Kruskal 的压力之间有什么关系？有吗？）

【问题讨论】：

标签： r multi-dimensional-scaling

【解决方案1】：

此答案涉及您在末尾括号中的附带问题：“smacof 报告的非度量压力与 Kruskal 的压力之间的关系是什么”

Kruskal 应力（或 Stress-1）是由 smacof 报告的非度量应力 (stress.nm) 的平方根。

所以，如果你有一个名为mod 的模型是通过运行smacofSym 获得的：

Stress-1 = mod$stress.nm^.5

【讨论】：