ECFP4指纹对应哪个RDKit指纹答案

【问题标题】：Which RDKit fingerprint corresponds to the ECFP4 fingerprintECFP4指纹对应哪个RDKit指纹
【发布时间】：2021-09-24 02:26:18
【问题描述】：

关于 RDKit 的 Morgan 指纹功能，我确实有两个问题。我无法弄清楚半径为 2 或 4 的 Morgan 指纹是否对应于 ECFP4。此外，我想不通，为什么在使用GetMorganFingerprintAsBitVect(nBits=2048) 而不是GetMorganFingerprint 时计算出的两个分子之间的相似性差异很大（小得多）？非常感谢帮助或解释。亲切的问候菲利普

【问题讨论】：

请提供有关您的第二个问题的更多详细信息。你运行了什么命令？输出是什么？您是如何计算相似度等的。

标签： rdkit

【解决方案1】：

在回答你的第一个问题时，根据https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html，半径2大致相当于ecfp4。

默认原子不变量使用的连接信息类似于那些用于众所周知的 ECFP 指纹系列。基于特征的不变量，类似于用于 FCFP 的不变量指纹，也可以用。使用的特征定义是在 Morgan 中使用的特征定义部分中定义指纹。有时这会导致完全不同的相似性分数：
m1 = Chem.MolFromSmiles('c1ccccn1')
m2 = Chem.MolFromSmiles('c1ccco1')
fp1 = AllChem.GetMorganFingerprint(m1,2)
fp2 = AllChem.GetMorganFingerprint(m2,2)
ffp1 = AllChem.GetMorganFingerprint(m1,2,useFeatures=True)
ffp2 = AllChem.GetMorganFingerprint(m2,2,useFeatures=True)
DataStructs.DiceSimilarity(fp1,fp2)
0.36...
DataStructs.DiceSimilarity(ffp1,ffp2)
0.90... 
在比较 ECFP/FCFP 指纹和 RDKit 生成的 Morgan 指纹时，请记住 ECFP4 中的 4 对应于所考虑的原子环境的直径，而摩根指纹采用半径参数。所以例子以上，radius=2，大致相当于ECFP4和FCFP4。

【讨论】：