R：将价值与系统发育中的提示联系起来

Question

我有系统发育和一些数据（特征值）。我在caper 中使用ace 重构了所有节点的特征值。

我在ape 中使用makeNodeLabel 将重构的特征值与其相应的节点相关联。

我想要做的是从 R 中导出一个包含 both 节点值（重构值）和尖端标签（经验数据）的关系文件（系统发育） ）。

我想使用颜色代码（在 FigTree 中）来指示值，但现在我只能使用节点来执行此操作，即尖端分支没有数据，因此不是“可颜色编码的”。

我需要将值与提示相关联才能执行此操作，但我无法弄清楚如何执行此操作。我还需要将与系统发育相关联的所有数据都归为“相似类别”，即类似于 *BEAST 的 theta 值如何在关联文件中编码。

非常感谢任何和所有帮助。

Answer 1

我找到了解决方法：

从 R 中导出一棵树（nexus 格式），其中包含与节点关联的重构特征。在 FigTree 中打开并将“标签”特征定义为“特征”。从文本文件中导入提示注释，该文本文件在标题为“特征”的列中包含经验数据。然后将树从 FigTree 导出到带有 nexus-block 的新文件并包含注释。最后，从关系文件 (animal/organism[&Trait=2.35754]) 中的名称块中复制名称，并将名称与编码树中的名称交换。然后，您将通过 [&Trait=value] 为节点和提示编码特征值。现在您可以对整个树进行颜色编码，其中包括现在与系统发育提示相关联的经验值。

Sooo，这是一种愚蠢的做法。如果有人有更好的方法，我很乐意听到。

Answer 2

您可以在 R 中尝试“phytools”包。可以执行“plotTree.wBars”功能。最良好的祝愿。