如何更改 R 中 heatmap.2 函数的聚类算法？答案

【问题标题】：How do I change the clustering algorithm for heatmap.2 function in R?如何更改 R 中 heatmap.2 函数的聚类算法？
【发布时间】：2018-11-06 01:02:22
【问题描述】：

我想更改 heatmap.2 用于层次聚类的聚类方法。它默认使用 hclust，我想继续使用它，但 hclust 使用“完整”方法，我想做“平均”。 Heatmap.2 有一个 hclustfun 参数，但我不知道如何使用它。我试过了

heatmap.2(..., hclustfun=hclust(method="average"))

但它给出了一个错误，即需要 'd' 参数。 Heatmap.2 自己计算距离，可以使用 distfun 参数指定。我不确定如何以某种方式将距离传递给 hclust，或者如何指定要传递给 hclust 的参数。

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

你真的很亲密。由于hclustfun 需要是一个函数，所以参数值确实应该是一个函数，而hclust(method = "average") 是调用 hclust 而没有指定d。同时，

heatmap.2(x, hclustfun = function(d) hclust(d, method = "average"))

有效。

【讨论】：