在 R 的 heatmap.2 中聚类后写入行名排序的表答案

【问题标题】：Write table with row name ordered after clustering in R's heatmap.2在 R 的 heatmap.2 中聚类后写入行名排序的表
【发布时间】：2015-04-06 00:56:53
【问题描述】：

使用以下代码：

mydata <- mtcars
hclustfunc <- function(x) hclust(x, method="complete")
distfunc <- function(x) dist(x,method="euclidean")
heatmap.2(as.matrix(mydata),dendrogram="row",trace="none", margin=c(8,9), hclust=hclustfunc,distfun=distfunc);

我得到以下热图：

我想要做的是将聚类结果保存到文本文件中但行名按聚类结果排序：

mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
Toyota Corolla 33.9 4 71.1 65 4.22 1.835 19.9 1 1 4 1
Porsche 914-2 26 4 120.3 91 4.43 2.14 16.7 0 1 5 2
Datsun 710 22.8 4 108 93 3.85 2.32 18.61 1 1 4 1
....
Maserati Bora 15 8 301 335 3.54 3.57 14.6 0 1 5 8

有什么办法呢？我在上面代码中的heatmap.2 行之后尝试了这个，但没有给出我想要的结果。

write.table(mydata, "~/Desktop/tmp.txt",row.names = TRUE, quote=FALSE)

【问题讨论】：

标签： r heatmap

【解决方案1】：

heatmap.2 函数不会对您的原始数据做任何事情。如果您保存调用heatmap.2 函数的结果，它将返回可用于重新排序数据的rowDendrogram。例如

hh<-heatmap.2(as.matrix(mydata),dendrogram="row",
    trace="none", margin=c(8,9), 
    hclust=hclustfunc,distfun=distfunc);

sorted <- mydata[match(rev(labels(hh$rowDendrogram)), rownames(mydata)), ]

#view result
head(sorted)
#               mpg cyl  disp  hp drat    wt  qsec vs am gear carb
# Toyota Corona 21.5   4 120.1  97 3.70 2.465 20.01  1  0    3    1
# Porsche 914-2 26.0   4 120.3  91 4.43 2.140 16.70  0  1    5    2
# Datsun 710    22.8   4 108.0  93 3.85 2.320 18.61  1  1    4    1
# Volvo 142E    21.4   4 121.0 109 4.11 2.780 18.60  1  1    4    2
# Merc 230      22.8   4 140.8  95 3.92 3.150 22.90  1  0    4    2
# Lotus Europa  30.4   4  95.1 113 3.77 1.513 16.90  1  1    5    2

然后您可以使用write.table 将排序后的data.frame 版本写入磁盘

【讨论】：