如何更改 R 中的 heatmap.2 颜色范围？答案

【问题标题】：How to change heatmap.2 color range in R?如何更改 R 中的 heatmap.2 颜色范围？
【发布时间】：2013-07-23 02:38:57
【问题描述】：

我正在使用 gplot 生成一个热图，显示治疗组与配对对照组的 log2 倍变化。使用以下代码：

 heatmap.2(as.matrix(SeqCountTable), col=redgreen(75), 
           density.info="none", trace="none", dendrogram=c("row"), 
            symm=F,symkey=T,symbreaks=T, scale="none")

我输出了一个带有真实倍数变化值（即非 Row-Z 分数）的热图，这是我所追求的，采用每个生物学家最喜欢的红-黑-绿配色方案！

log2 倍变化的实际范围是 -3/+7，有很多值在 -2/-1 和 +1/+2 范围内，分别显示为深红色/绿色。这使得整个热图非常暗，难以解释。

有没有一种方法可以使颜色渐变倾斜以使其线性度降低？也就是说，从黑色到非常亮的渐变出现在更小的范围内？
和/或将颜色范围更改为非对称，即从 -3/+7 开始，就像数据一样，而不是像目前的比例那样 -7/+7，黑色仍然以零为中心？

【问题讨论】：

请不要在应该向其他人展示的任何内容中使用红绿方案。 8% 的男性和 0.5% 的女性患有色觉障碍，并且难以阅读您的热图。 designshack.net/articles/accessibility/…

标签： r colors heatmap

【解决方案1】：

我只是通过将 symkey 参数更改为 FALSE 来使颜色范围不对称

symm=F,symkey=F,symbreaks=T, scale="none"

解决了 colorRampPalette 的颜色问题，使用中断参数指定每种颜色的范围，例如

colors = c(seq(-3,-2,length=100),seq(-2,0.5,length=100),seq(0.5,6,length=100))

my_palette <- colorRampPalette(c("red", "black", "green"))(n = 299)

一共

heatmap.2(as.matrix(SeqCountTable), col=my_palette, 
    breaks=colors, density.info="none", trace="none", 
        dendrogram=c("row"), symm=F,symkey=F,symbreaks=T, scale="none")

【讨论】：

令我困惑的是，在您更改不同颜色的不等分之后，很难解释热图结果，对吧？因为，它们不是同样连续的？
另外一个问题是，如果你这样设置颜色，key好像总是不正常（热图图右上角没有显示）。你以前发现过这样的问题吗？

【解决方案2】：

您可以尝试使用 RColorBrewer 包创建自己的调色板

my_palette <- colorRampPalette(c("green", "black", "red"))(n = 1000)

看看这是什么样子。但我认为在你的情况下，如果你真的想把黑色保持在“中间”，只有缩放会有帮助。您可以简单地使用my_palette 而不是redgreen()

我建议您查看RColorBrewer package，他们有相当不错的内置调色板，并查看交互式website for colorbrewer。

【讨论】：

当时它对我有用，你当然必须使用这个调色板作为函数参数 (col=my_palette)

【解决方案3】：

我认为你需要设置symbreaks = FALSE 这应该允许不对称的色阶。

【讨论】：

【解决方案4】：

对于那些不使用heatmap.2 的人来说，这是另一个选择（aheatmap 很好！）

从输入矩阵的最小值到最大值创建一个包含 100 个值的序列向量，在其中找到最接近 0 的值，在所需中点之间创建两个颜色向量，组合并使用它们：

breaks <- seq(from=min(range(inputMatrix)), to=max(range(inputMatrix)), length.out=100)
midpoint <- which.min(abs(breaks - 0))
rampCol1 <- colorRampPalette(c("forestgreen", "darkgreen", "black"))(midpoint)
rampCol2 <- colorRampPalette(c("black", "darkred", "red"))(100-(midpoint+1))
rampCols <- c(rampCol1,rampCol2)

【讨论】：