调整 R 中 heatmap.2 函数 (gplots) 的底层代码，以更改跟踪参数

Question

我想在 R 中的 heatmap.2 函数的代码中调整 trace 参数（热图中可见的线分割），以最终删除虚线，但保留实线。更一般地说，我还想学习如何调整用户定义的函数。

我在这里找到了有关如何执行此操作的建议：https://support.bioconductor.org/p/42819/。

但是，当我调整代码中的任何内容（例如跟踪参数的行类型）（使用函数 fix() 或使用另一个名称但使用相同的代码创建一个新函数）时，我开始收到错误在 R 中找不到某些函数，例如 invalid() 和 plot.dendrogram()。我为这些功能安装了单独的软件包，但这并不能解决问题。更糟糕的是，当使用 fix() 方法时，heatmap.2 从那时起不断收到这些错误，即使我撤消了代码更改，并且我必须重新安装 gplots 包。

我不明白 heatmap.2 函数是如何毫无问题地运行它们的，但是当我调整代码时，这些底层函数已经找不到了。

TLDR：如何在 R 中安全地调整函数，尤其是 heatmap.2 函数？

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

通常，您应该能够通过运行heatmap.2 而不带任何选项（很多）来获取所有代码，然后将其复制并按照您的生物导体中的建议将其分配给新功能。这是普遍接受的方法。我认为这里不需要fix() 方法，因为它确实会覆盖您工作区中的对象（即，除非您清除工作区，否则更改后的heatmap.2 将优先）。 为了您的方便，我创建了一个包含正常代码的要点并将其分配给一个新函数。我会将其粘贴到您的工作目录中的一个新文件（例如 heatmap3.R）中，并在您当前的分析脚本中粘贴source("heatmap3.R")。当然你可能需要编辑这个文件，我已经注释掉了我认为是虚线的第 345-348 和 359-362 行。这应该是尝试调整现有函数时的一般策略（除非它们是 S4/S3 或内部函数，否则事情会变得更加棘手）

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