R - 命令行错误中的参数

Question

假设我有一个如下所示的数据框：

SNP   Frequency
A     20
B     50
C     7

（当然，真正的数据框有更多行。）

我想做的是将一些参数传递给命令行，这将允许我在命令行中设置输入数据帧和频率。这是我尝试过的：

args = commandArgs()
df <-args[1]
freqsub <- subset(df, args[2],header=TRUE)

在args[2] 部分我通常会有Frequency > somenumber

当我有df <- args[1] 时，我知道如何使用它，但args[2] 没有。

$ Rscript sumtest.R test.txt Frequency>20

"Error in subset.default(df, args[2], header = TRUE) : 
  argument "subset" is missing, with no default
Calls: subset -> subset.default
Execution halted"

有什么想法吗？如果需要更多信息，很高兴编辑（我不知道是否是这种情况，抱歉）。

Answer 1

我认为你必须使用选项trailingOnly = TRUE：

args = commandArgs (trailingOnly = TRUE)

否则 args[1] args[2] 不是你所期望的......

使用trailingOnly = FALSE，您在args 的首位获得的是有关R 进程如何运行的信息。

你可以这样做：

print (args)

在你的 shell 中查看你在 args 向量中真正拥有的东西。

除了 "Frequency>20" 将作为一个字符出现在 args[2] 中...因此，如果您想将其作为 subset 函数的参数，则必须对其进行处理。

在这种情况下，我将只传递数字作为要在 args[2] 中读取的参数。然后你可以这样做：

subset(df, Frequency > as.numeric (args[2]), header=TRUE)

---

所以按照你的 cmets 我会做 2 个 R 脚本：

第一个只是为了确保您读取正确的参数：

args = commandArgs (trailingOnly = TRUE)
myfile = args[1]
myfreq = as.numeric (args[2])
print (myfile)
print (myfreq)    

这你必须在你的shell中运行它：

Rscript script1.R file.txt 5

你应该得到如下输出：

file.txt
5

在你的第二个脚本中：

myfile = "file.txt"
myfreq = 5

## and all computations you need
df = read.table (myfile, ...
subset(df, myfreq, ...)

调试第二个文件（以交互方式）直到它工作，然后更改前两行：通过第一个文件中的 (3) commandArgs 行。