使用 model.matrix 函数设计矩阵进行基因表达答案

【问题标题】：Design Matrix using model.matrix function for gene expression使用 model.matrix 函数设计矩阵进行基因表达
【发布时间】：2018-02-18 07:57:55
【问题描述】：

需要帮助。我的数据如下所示：

Identifier    Sample1    Sample2   Sample3 ...Sample10
Gene1          10.85       9.33      11.04 ... 10.093
Gene2          5.94        7.95      6.46  ... 6.33
...
Gene99         3.93        4.12      7.86  ... 9.45

样品 1 到 4 是正常的，5 到 10 是异常的。

数据存储在一个名为 DF 的数据框中。需要使用model.matrix函数创建一个设计矩阵，想法是使用这个信息来拟合一个线性模型，以便能够识别差异基因。

我不知道如何创建设计矩阵。我已经阅读了文档，但它让我无处可去。该函数的语法似乎并不适合我所拥有的格式。

感谢任何提示。

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics model.matrix limma

【解决方案1】：

你需要类似的东西

disease <- factor(rep(c(1,2),c(4,6)))
levels(disease) <- c("normal","abnormal")
design <- model.matrix(~disease)

你试过阅读limma User's Guide吗？有很多例子：

【讨论】：

这个建议效果很好，非常感谢。我查阅了 limma 文档，但由于我是新手，所以很多信息都超出了我的想象。