差异表达基因分析：如何对不同临床矩阵的表达矩阵进行t.test？答案

【问题标题】：Differential expression gene analysis: how to do t.test on expression matrix with goups different clinical matrix?差异表达基因分析：如何对不同临床矩阵的表达矩阵进行t.test？
【发布时间】：2019-03-28 16:53:23
【问题描述】：

我正在攻读转录组（affymetrix 分析）分析博士学位。

我有一个表达矩阵（trans_data：32000 个基因 x 620 个样本）和一个临床矩阵（clin_data：620 个样本 x 42 个临床特征）。样本属于 A-B-C-D 4 个群体中的 1 个。我想在不尝试绑定两个矩阵的情况下比较群体 A 和 B 之间的基因表达。

我想选择一个矩阵，其中包含两个群体中每个基因的平均表达，然后是 p 值，然后是调整后的 p 值。

然后我可以只选择差异表达的基因（padj

感谢您的帮助。阿兰

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

如果没有clear reproducible example，则无法直接回答您的问题，但您可能想查看相当出色的tableone package

【讨论】：