更改设计矩阵 model.matrix 的基础/参考

Question

我有一个如下所示的数据框：

    df <- data.frame(id= rep(seq(1:125),3),
  timpoint= c(rep("T1", 125), rep("T2", 125), rep("T3", 125)),
                 treatment=c(rep("A",25),rep("B",25),rep("C",25),rep("D",25),rep("E",25)))
interaction.col <- paste(df$timpoint, df$treatment, sep = "_")  

df <- cbind(df, interaction.col)

我已经生成了一个设计矩阵如下：

model.matrix(~treatment:timpoint, df, list(treatment = contr.sum, timpoint=contr.treatment))

对于治疗：时间点效果，我的最后一组设置为参考。例如，我想将其更改为“C”组，但由于某种原因，relevel 不起作用。

我也试过设置基础：

model.matrix(~treatment:timpoint, df, list(treatment = contr.sum, timpoint=contr.treatment), base="C")

如何将时间点的基础更改为“T1”并将交互效果（治疗：时间点）更改为例如组“C”？

Answer 1

如果您将处理变量编码为一个因子，您可以重新调整因子水平，然后重新运行模型矩阵：

df <- data.frame(
    id = rep(1:125, 3),
    timpoint = paste0("T", rep(1:3, each=125)),
    treatment = gl(5, 25, labels = LETTERS[1:5]))
interaction.col <- paste(df$timpoint, df$treatment, sep = "_")  
df <- cbind(df, interaction.col)
model.matrix(~treatment:timpoint, df)
df$treatment <- relevel(df$treatment, "C")
model.matrix(~treatment:timpoint, df)