如何存储用于在 Gephi 中可视化的 networkx 图？

Question

我正在使用 Python 中的 Networkx 模块研究 pagerank 算法。我有一个列表字典，其中字典的键是页面的标题，它的值是通过该页面引用的所有标题。

所以为了创建可视化，我首先这样做：

G = nx.DiGraph()
G = nx.from_dict_of_lists(ref_dict)

ref_dict 是上面提到的字典。

创建图表后，我使用 Networkx 的write_edgelist 函数将图表存储为 csv 格式。

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv')

这就是我的问题。 csv 文件将边缘存储为：

节点 1 节点 2 {} 节点 1 节点 3 {}

当我直接在 Gephi 中使用此文件时，它会将 {} 视为一个节点并相应地显示可视化。 那么存储networkx图以使其可视化的最佳格式应该是什么？

Answer 1

使用write_gexf 函数如：nx.write_gexf(G, "test.gexf")， 并使用Gephi 打开文件，然后你会看到它。

参考https://networkx.github.io/documentation/networkx-1.10/reference/generated/networkx.readwrite.gexf.write_gexf.html#write-gexf

Answer 2

你可以指定data参数告诉networkx不要添加{}：

nx.write_edgelist(subG,'PageRanks2.csv', data=False)

networkx 和 gephy 都支持其他格式（例如 GraphML），如果您的数据具有关联的属性，您可以完成更复杂的数据可视化任务。