使用 NetworkX 在 Python 中可视化图形答案

【问题标题】：Visualizing graph in Python using NetworkX使用 NetworkX 在 Python 中可视化图形
【发布时间】：2016-02-15 19:43:26
【问题描述】：

我正在尝试在 NetworkX 中可视化图形。我需要像这样为图形着色：中心节点需要着色为深色。然后，所有更远的节点都需要颜色变浅，但是当我运行代码时，我得到了这个错误：

错误：无法将参数类型转换为 rgba 数组就行了：

  nx.draw_networkx_nodes(G,pos,nodelist=p.keys(),node_size=90,
  node_color=p.values(),cmap=plt.cm.Reds_r)

我认为问题出在：

node_color=p.values()

代码是：

import numpy
import pandas
import networkx as nx
import unicodecsv as csv
import community
import matplotlib.pyplot as plt

# Generate the Graph
G=nx.davis_southern_women_graph()

# Create a Spring Layout
pos=nx.spring_layout(G)

# Find the center Node
dmin=1
ncenter=0
for n in pos:
   x,y=pos[n]
   d=(x-0.5)**2+(y-0.5)**2
   if d<dmin:
      ncenter=n
      dmin=d

""" returns a dictionary of nodes and their distance to the node 
supplied as an argument. We will then use these distances 
to determine colors"""
p=nx.single_source_shortest_path_length(G,ncenter)

plt.figure(figsize=(8,8))
nx.draw_networkx_edges(G,pos,nodelist=[ncenter],alpha=0.4)
nx.draw_networkx_nodes(G,pos,nodelist=p.keys(),node_size=90,
   node_color=p.values(),cmap=plt.cm.Reds_r)

plt.show()

完整的追溯

Traceback (most recent call last):

  File "<ipython-input-4-da1414ba5e14>", line 1, in <module>
   runfile('C:/Users/Desktop/Marvel/finding_key_players.py',        wdir='C:/Users/Desktop/Marvel')

  File "C:\Users\Anaconda33\lib\site-   packages\spyderlib\widgets\externalshell\sitecustomize.py", line 685, in runfile
   execfile(filename, namespace)

  File "C:\Users\Anaconda33\lib\site packages\spyderlib\widgets\externalshell\sitecustomize.py", line 85, in execfile
exec(compile(open(filename, 'rb').read(), filename, 'exec'), namespace)

  File "C:/Users/Desktop/Marvel/finding_key_players.py", line 70, in
   <module>
      cmap=plt.cm.Reds_r)

  File "C:\Users\Anaconda33\lib\site-packages\networkx\drawing\nx_pylab.py", line 399, in draw_networkx_nodes
label=label)

  File "C:\Users\Anaconda33\lib\site-packages\matplotlib\axes\_axes.py", line 3606, in scatter
colors = mcolors.colorConverter.to_rgba_array(c, alpha)

  File "C:\Users\Anaconda33\lib\site-packages\matplotlib\colors.py",   line 391, in to_rgba_array
if alpha > 1 or alpha < 0:

ValueError: Cannot convert argument type <class 'numpy.ndarray'> to rgba array

【问题讨论】：

也许您的 matplotlib 或 networkx 版本已损坏（或只是较旧）？我有 matplotlib-1.3.1 和 networkx-1.11，它适用于这些。
两个模块都升级了，还是一样。
OK - 为了帮助您，我们需要包含错误详细信息的完整回溯。我相信你的代码是正确的。这可能是其中一个库不匹配或有问题，可能是 matplotlib 或 numpy。
我把整个回溯放在代码下。我认为错误在 matplotlib/colors.py 中，所以我用另一个文件运行了原始的 colors.py 文件，但显然以前的文件也可以，因为错误保持不变。感谢您的帮助
感谢您的回溯。我可以看到错误，但我不明白为什么会触发它。也许其他人熟悉这个问题。对我来说，它看起来不像是 networkx 错误。

标签： python numpy networkx

【解决方案1】：

错误在绘制节点的函数中。 p.keys()values 必须放在nodelist 和node_color 的列表中，否则它不起作用。

所以正确的行是：

nx.draw_networkx_nodes(G,pos,nodelist=list(p.keys()),node_size=80,node_color=list(p.values()), cmap=plt.cm.Reds_r)
plt.axis('off')
plt.show()

【讨论】：