将networkx图转换为Gephi

Question

我正在尝试将 Python networkx 图形转换为 Gephi 兼容文件。但是，我遇到了一些我不知道如何解决的问题：

问题：

1. 我们如何将节点特征向量合并到 gexf 文件中？我不断收到错误消息：“TypeError：不允许使用属性值类型：”。如果我删除下面的节点功能代码，那么它可以工作，但理想情况下我想包含节点功能。

2. 当我将 .gexf 文件加载到 Gephi 中时，由于某种原因没有显示任何内容 - 为什么会发生这种情况？当我删除下面代码的节点功能部分时，我设法获得了一个 gexf 文件。 （应用程序启动，我可以可视化其他测试数据集，但是当我加载下面的文件时，它会在右上角显示节点和边数计数器，但实际图形没有显示...需要按其他东西吗？我看了一些 YouTube 教程，图表总是为这些人加载）

我知道有很多帖子，但是在浏览了很多并尝试了解决方案后，我决定发一个帖子。

示例代码： 我制作了一些模拟代码来展示我在做什么：

import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx
%matplotlib inline

# Make the networkx graph
G = nx.Graph()

# Add some cars (just do 4 for now)
G.add_nodes_from([
      (1, {'y': 0}),
      (2, {'y': 1}),
      (3, {'y': 2}),
      (4, {'y': 3}),
      (5, {'y': 4}),
])

# Add some edges --> A = [(0, 1, 0, 1, 1), (1, 0, 1, 1, 0), (0, 1, 0, 0, 1), (1, 1, 0, 0, 0), (1, 0, 1, 0, 0)]
G.add_edges_from([
                  (1, 2), (1, 4), (1, 5),
                  (2, 3), (2, 4),
                  (3, 2), (3, 5), 
                  (4, 1), (4, 2),
                  (5, 1), (5, 3)
])

# add the price data to the graph as node features
for node in G.nodes():
  G.nodes[node]['x'] = np.random.rand(5) * 5

# This code mounts the google drive
from google.colab import drive
drive.mount('/content/drive')

# convert the graph to Gephi
nx.write_gexf(G, '/content/drive/MyDrive/cars_test.gexf', version="1.2draft")

然后我得到错误：“TypeError：属性值类型不允许：”

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

目前似乎没有numpy 支持，因此解决此问题的一种方法是将数据存储为lists：

# add the price data to the graph as node features
for node in G.nodes():
    G.nodes[node]["x"] = {"price": list(np.random.rand(5) * 5)}

注意节点属性存储为字典。