如何使用 rpy2 在 python 中运行 R 脚本答案

【问题标题】：How to run R script in python using rpy2如何使用 rpy2 在 python 中运行 R 脚本
【发布时间】：2019-09-14 10:23:13
【问题描述】：

我的问题似乎很基本，但即使在 rpy2 文档中我也找不到答案。我有 *.R 脚本，它接受一个参数作为“file.txt”（我需要传递参数而不是从命令行）。我想在 python 脚本中调用 R 脚本。我的问题是：如何将参数传递和恢复到 R 脚本？我的解决方案是：假设 R 脚本由这一行开始：

df <- read.table(args[1], header=FALSE)
"
 here args[1] should be the file which is not passed from the command line
"
....

现在我在我的 python 脚本中编写一个函数：

from rpy2 import robjects as ro
def run_R(file):
    r = ro.r
    r.source("myR_script.R")
   # how to pass the file argument to
   # the R script and how to
   # recuperate this argument in the R code?

【问题讨论】：

标签： python r rpy2

【解决方案1】：

为什么只使用rpy2 来运行R 脚本？考虑避免使用此接口，而是使用自动化的Rscript.exe 命令行，Python 可以像任何外部可执行文件一样使用内置的subprocess 调用该命令行，即使在传递所需参数时也是如此。

下面假设您在 PATH 环境变量中有您的 R bin 文件夹以识别Rscript。如果没有，请在 cmd 的第一个参数中添加此可执行文件的完整路径。另外，请务必将文件的完整路径传递给 run_R 方法：

from subprocess import Popen, PIPE

def run_R(file):
  # COMMAND WITH ARGUMENTS
  cmd = ["Rscript", "myR_script.R", file]

  p = Popen(cmd, cwd="/path/to/folder/of/my_script.R/"      
            stdin=PIPE, stdout=PIPE, stderr=PIPE)     
  output, error = p.communicate()

  # PRINT R CONSOLE OUTPUT (ERROR OR NOT)
  if p.returncode == 0:            
      print('R OUTPUT:\n {0}'.format(output))            
  else:                
      print('R ERROR:\n {0}'.format(error))

【讨论】：

【解决方案2】：

我的问题似乎很基本，但即使在 rpy2 文档上我也找不到答案。

不过，这可能是一个很好的起点：

https://rpy2.github.io/doc/v3.0.x/html/robjects_rpackages.html#importing-arbitrary-r-code-as-a-package

(...)

df <- read.table(args[1], header=FALSE)
"
 here args[1] should be the file which is not passed from the command line
"

当您到达那里时，命令行的参数早已传递给 R（因为此时 R 已经初始化并运行）。文档中上面的链接将是一种相对优雅的解决方法。否则，您总是可以在 R 中创建一个向量 args：

rpy2.robjects.globalenv['args'] = robjects.vectors.StrVector(['my_file.csv'])
r.source("myR_script.R")

【讨论】：