使用 rpy2 从 python 调用嵌套的 R 脚本答案

【问题标题】：Calling nested R script from python using rpy2使用 rpy2 从 python 调用嵌套的 R 脚本
【发布时间】：2021-06-18 16:28:50
【问题描述】：

我有 2 个单独的 R 脚本，例如 func1.R 和 func2.R。两者都是接收输入并返回输出的函数，例如 func1(a,b) 和 func2(c,d)。但是，调用 func2.R 来计算 func1.R 中的某些内容，如下所示：

func1<-function(a,b){
 compute c and d here somehow
 e <- func2(c,d)
 return e
}

用于调用单个 R 脚本（如 func3.R）而不使用嵌套调用：

func3<-function(a,b){     
  e <- a + b
  return e
}

以下 Python 工作：

import rpy2.robjects as robjects    
def func3(a,b):
    path = 'path_to/R_files/'
    ro=robjects.r        
    ro.source(path+"func3.R")    
    return ro.func3(robjects.FloatVector(a),robjects.FloatVector(b))

使用 func1.R 和 func2.R 的 Python 代码是什么？

【问题讨论】：

函数 1 和 2 和 3 是在不同的 R 脚本上还是在同一个 R 脚本上？
感谢您的回复。在不同的 R 文件中，func1.R、func2.R 和 func3.R。 func3.R 不是问题的一部分。假设我有 2 个 R 脚本，一个在另一个内部调用。
由于它们位于不同的 Rscripts 中，您应该只加载最后一个作为其他 Rscripts 来源的 Rscript。
感谢您的回复。在不同的 R 文件中，func1.R、func2.R 和 func3.R。 func3.R 不是问题的一部分。在python中单独调用func3.R没有问题，因为里面没有调用，我提供了python代码。假设我有 2 个 R 脚本，例如 func1.R 和 func2.R，func2.R 在 func1.R 中被调用。
我明白你的意思。只需确保 func2.R 脚本的第一行来源 func1.R 脚本，然后仅按照您刚刚显示的方式将 func2.R 来源到 python

标签： python r nested rpy2

【解决方案1】：

您的func1.R 脚本：

#define function1 here:
func1 <- function(c, d){
 }

您的func2.R 脚本：

#define function 2 that uses function1

source("func1.R")
func2 <- function(a,b){
 compute c and d here somehow
 e <- func2(c,d)
 return e
}

你的python代码：

import rpy2.robjects as robjects    
def func3(a , b):
    path = 'path_to/R_files/'
    ro = robjects.r        
    ro.source(path + "func2.R")    
    return ro.func3(robjects.FloatVector(a),robjects.FloatVector(b))

【讨论】：