重命名 Seurat 对象元数据中的数据

【问题标题】：Renaming data in a Seurat object metadata重命名 Seurat 对象元数据中的数据
【发布时间】：2022-09-25 19:31:57
【问题描述】：

我有一个修拉对象“gunion.data”。 gunion.data@meta.data$orig.ident 的元数据是 \"control、\"ischemia\"、\"synIRI\" 或 \"alloIRI\"。我想更改 \"\"synIRI\"和 \"alloIRI\" 到 \"other\"。

我试过这个 gunion.data@meta.data$orig.ident[\"alloIRI\"] <- \"other\"

但它给了我一个错误： $<-.data.frame 中的错误（时间, orig.ident, value = c(\"control\", \"control\", : 替换有 26933 行，数据有 26932

我应该如何格式化代码以将数据中的所有 \"alloIRI\" 和 \"synIRI\" 更改为 \"other\"？

标签： r rename seurat

【解决方案1】：

你想要做的是重命名一个标识。将身份更改为“orig.ident”后，以下内容应该可以工作。

Idents(gunion.data) <- 'orig.ident'
gunion.data <- RenameIdents(object = gunion.data, `synIRI` = "other", `alloIRI` = "other")

Idents(gunion.data) #to confirm the change has happened.

我建议你也看看 Seurat Essential 命令，找到here。

【讨论】：

这完美！谢谢你。不幸的是，我似乎没有足够的声誉来投票，所以我只是发表评论。我是新来的：）
很高兴它对你有用:) 没有问题，当你得到它时，你最好点击我的答案旁边的顶部箭头键，所以将它标记为已回答。一切顺利。