在 Shiny 中从上传的 Seurat 对象中提取元数据以进行 selectInput 选择答案

【问题标题】：Extract Metadata from uploaded Seurat Object in Shiny to make selectInput choices在 Shiny 中从上传的 Seurat 对象中提取元数据以进行 selectInput 选择
【发布时间】：2021-04-27 04:37:56
【问题描述】：

我正在尝试创建一个 Shiny 应用程序，它允许我比较来自 Seurat 对象的簇，并输出差异表达基因的列表。到目前为止我已经尝试过了：

#here's the UI portion I need help with:

          
      selectInput(inputId = "clusters", 
                  label = "Choose cluster 1: ", 
                  choices = NULL)

#here's the server function

server <- function(input, output, session) {
  
#this is to load in the datasets reactively; i.e, they are not loaded until you select them
  
datasetInput <- reactive({
    if (input$dataset_selec == "NK AD Dataset") {
      dataset <- get(load("~/Desktop/Shiny App/Seuratapp/data/nk_integrated_object.Rdata"))
    }
    else if (input$dataset_selec == "APPPS1 Dataset") {
      dataset <- get(load("~/Desktop/ShinyApp/Seuratapp/data/appps1_lymphocytes_object.Rdata"))
    }
    else if (input$dataset_selec == "T Cell Infiltration Dataset") { 
      dataset <- get(load("~/Desktop/Shiny App/Seuratapp/data/tcell_infiltration.Rdata"))
    }
    return(dataset)
  })

#this is to transform the loaded dataset into something I can use as labels
  dataset <- datasetInput

  updateSelectInput(session, 
                    inputId = "metadata_split", 
                    label = "Choose category to split by: ",
                    choices = colnames(dataset@metadata))

这不起作用，我敢肯定有很多原因，但坦率地说，我什至无法理解从哪里开始解决这个问题。谁能帮帮我？

【问题讨论】：

标签： r shiny seurat

【解决方案1】：

一些建议：

您的代码不完整。制作minimal reproducible example，以便人们可以重现您的错误。对于公开的 Seurat 数据，您可以尝试使用 Seurat tutorial 中的 PBMC dataset。
如果dataset应该是反应式的，那么我认为你需要call the reactive expression：

dataset <- datasetInput()

dataset <- get(load(...)) 是一种不寻常的策略。如果你有RData 对象，那么你可以做dataset <- readRDS(...)。见here。

【讨论】：